В конце июня 1610 года он сел на корабль, намереваясь вернуться в Рим. Однако на берегу его по ошибке арестовали испанские гвардейцы и задержали на три дня. Когда его выпустили, он умер от приступа малярии в городке Порто-Эрколе 18 июля 1610 года.

Версия номер два— по материалам Википедии: в мае 1606 года, после ссоры во время игры в мяч и убийства на дуэли участника ссоры, Караваджо был вынужден бежать из Рима в Неаполь, откуда в 1608 году перебрался на остров Мальта. Здесь в результате конфликта с могущественным вельможей был брошен в тюрьму, но бежал на Сицилию. В 1608–1609 годах, преследуемый наемными убийцами, подосланными тем же вельможей, скитался по городам Сицилии и южной Италии. В 1610 году, рассчитывая на помощь римских покровителей и прощение Папы, отправился в Рим. По дороге был по ошибке арестован испанскими таможенниками, затем продолжил путь. В то время он болел сифилисом, его организм был крайне ослаблен, и в городке Порто-Эрколе он умер от солнечного удара.

Версия номер три — по материалам некоторых американских исследователей: в 1608 году, выполняя работы для ордена госпитальеров, Караваджо вступил в конфликт с Великим магистром ордена госпитальеров, обвинив его в растрате казенных денег, предназначенных больнице для бедняков. В ответ на эти обвинения был изгнан из ордена. В 1609 году перебрался на Сицилию, где его преследовали наемные убийцы, посланные могущественным противником. Был вынужден бежать из Сицилии в Неаполь.

В 1609 году в Неаполе на него было организовано нападение неизвестных в портовой таверне. Караваджо удалось спастись от убийц, но во время драки ударом в лицо он был изуродован. Он решил вернуться в Рим и попросить покровительства у Папы.

В 1610 году был арестован испанскими таможенниками, получившими ложный донос о том, что Караваджо якобы является известным фальшивомонетчиком. Его продержали 3 дня в тюрьме. Из тюрьмы он вышел в крайне ослабленном состоянии. Отправился в городок Порто-Эрколе, где и умер в местной таверне, по всей видимости, от пищевого отравления.

Версия номер четыре: в 1608 году Караваджо был вынужден бежать с острова Мальта, где вступил в конфликт со знатным и могущественным вельможей, которому покровительствовал орден госпитальеров. Существует мнение, что конфликт произошел на любовной почве. В 1609 году на Сицилии был арестован за дуэль и брошен в тюрьму. Но ему удалось бежать из тюрьмы и добраться до Неаполя. В Неаполе в портовой таверне на него было организовано нападение местных бандитов: по всей видимости, с целью ограбления. Во время драки получил тяжелую рану, которая воспалилась из-за инфекции и не заживала длительное время. Это ранение очень ослабило его организм.

В 1610 году он решил отправиться в Рим, чтобы снова вернуть себе знатное покровительство и утраченную славу. Но по ошибке был снят с корабля испанскими таможенниками, которые получили ложный донос. Три дня он провел в тюрьме, где был тяжело ранен, а также заболел малярией.

По выходе из тюрьмы, тяжело раненый, страдая от малярии, пытался добраться пешком до городка Порто-Эрколе. Но организм его был слишком ослаблен, и по дороге он умер от солнечного удара.

Это наиболее часто встречающиеся версии. В них нет однозначности, они наполнены разными подробностями. Но есть нечто общее, что объединяет их все: это серьезный конфликт с кем-то очень могущественным, который произошел на Мальте. И этот конфликт стал отправной точкой для того, что произошло впоследствии.

Смерть Караваджо приписывают разным причинам: малярии, сифилису, солнечному удару, пищевому отравлению, незаживающей, воспаленной ране. Это означает только одно: истины нет. Столь противоречивые факты свидетельствуют о том, что очень многое осталось скрытым и недоговоренным. Кто-то очень могущественный, наделенный властью, постарался сделать так, чтобы в полной тайне осталось имя вельможи, с которым конфликтовал Караваджо на Мальте, а главное, сама причина конфликта.