И хотя семилетнее регентство Софьи отличалось стабильностью и покоем, в борьбе с Петром и стоящими за его спиной Нарышкиными она проиграла. Верхи и армия в принципе не одобряли правление женщины и ее фаворитов. Крымские походы подорвали репутацию правительницы и ее полководцев, в первую очередь боярина и главы Боярской думы князя В. В. Голицына. Одновременно Софья уже не могла рассчитывать на прежнюю поддержку стрельцов. Они были ослаблены в результате подавления в 1682 году правительством Софьи попытки переворота, которую вскоре после прихода Софьи к власти предпринял глава Стрелецкого приказа князь Иван Хованский. К тому же Петр стал проявлять интерес к ведению государственных дел и иногда присутствовал в Боярской думе, чем демонстрировал свою дееспособность.

Развязка родственно-государственного конфликта сестры и брата наступила летом 1689 года. Во время крестного хода 8 июля Петр на глазах всего двора и народа поссорился с Софьей и в гневе покинул Кремль. Это был настоящий скандал, после которого отношения сторон резко обострились. В ночь с 7 на 8 августа 1689 года Петр был разбужен двумя стрельцами, которые прибыли в Преображенское и сообщили царю, что Софья и Шакловитый готовят вылазку против него. До сих пор мы не знаем, была ли это провокация или Софья действительно намеревалась расправиться с Нарышкиными, но события эти стали детонатором политического взрыва, изменившего весь политический пейзаж тогдашней России. Генерал Пат рик Гордон писал об этом:

Петр прямо с постели, не успев надеть сапог, бросился в конюшню, велел оседлать себе лошадь, вскочил на нее и скрылся в ближайший лес. Сюда принесли ему платье, он наскоро оделся и поскакал в сопровождении немногих лиц в Троицкий монастырь, куда измученный приехал в 6 часов утра. Его сняли с коня и уложили в постель. Обливаясь горькими слезами, он рассказал настоятелю о случившемся и потребовал защиты… Внезапное исчезновение царя распространило ужас в столице, однако клевреты Софьи старались держать все дело в тайне или делали вид, будто оно не заслуживает внимания.

Заглянем в источник

Петр напомнил брату о вполне легитимном выборе их на трон в 1682 году и о том, что только «нам двум особам скипетр правления прародительскаго нашего Российского царствия», а «о третьей особе, чтоб с нами быть в равенственном правлении, отнюдь не воспоминалось. А как сестра наша царевна София Алексеевна государством нашим учела владеть своею волею и в том владении что явилось особам нашим противное и народу тягость и наше терпение, о том тебе, государю, известно. А ныне злодеи наши Фетка Шакловитой с товарыщи, не удоволяся милостию нашею, преступя обещания свое, умышляли с ыными ворами о убивстве над нашим и матери нашей здравием, и в том по розыску и с пытки винились».

И далее – самое главное:

«А топерь, государь братец, настоит время нашим обоим особам Богом врученное нам царствие править самим, понеже пришли есми в меру возраста своего, а третьему зазорному лицу – сестре нашей царевне Софье Алексеевне – с нашими двумя мужескими особами в титлах и в росправе дел быти не изволяем, на то б и твоя б государя моего брата воля склонилося, потому что учела она в дела вступать и в титлах писаться собою без нашего изволения, к тому же еще и царским венцом для конечной нашей обиды хотела венчатца. Срамно, государь, при нашем совершенном возрасте тому зазорному лицу государством владеть мимо нас». И тут Петр фактически объявляет себя самодержцем, резервируя за собой единоличное право сменить правительство: «Тебе же, государю братцу, объявляю и прошу: поволь государь, мне отеческим своим изволением для лутшие ползы нашей и для народнаго успокоения, не обсылаясь к тебе, государю, учинить по приказом правдивых судей, а неприличных переменить, чтоб тем государство наше успокоить и обрадовать вскоре.