Впоследствии этот процесс получил название дела о «военно-фашистском заговоре». С его помощью Иосиф Сталин вычистил из руководства армии всех, кто теоретически мог проводить самостоятельную политику. Около полуночи 11 июня 1937 года был оглашен суровый приговор. Всех обвиняемых приговорили к расстрелу, лишению воинских званий и наград, конфискации принадлежащего им имущества. Расстреляли сразу же, в ночь на 12-е. Через несколько дней Клим Ворошилов рассказывал, что во время расстрела Тухачевский и другие кричали: «Да здравствует Сталин! Да здравствует коммунизм!»

Признал ли «красный маршал» свою вину? Да, признал и собственноручно написал подробные показания, в которых поведал, как вступил в тайные контакты с немецкими генералами и готовил разгром Советского Союза в грядущей войне с Германией. Понятно, что показания были «вымучены» из Тухачевского следователями НКВД – им даже не пришлось прибегать к физическому воздействию: маршал был морально раздавлен и пошел на сотрудничество с органами, надеясь, что сумеет оправдаться на суде. Но суд, вопреки ожиданиям, был закрытым и скорым, а попытки Тухачевского «утащить» за собой как можно больше конкурентов из «ворошиловской» группировки, назвав их участниками «заговора», не возымели действия. Сталин руками чекистов бил в цель, а не в кого попало, и многие из тех, кто по логике должен был после показаний Тухачевского отправиться в подвал (например, Борис Михайлович Шапошников, Семен Константинович Тимошенко, Иосиф Родионович Апанасенко), получили высокие посты и служили стране во время Великой Отечественной войны.

Покровительство со стороны армейского командования для НИИ-3 закончилось, наступили темные времена. Тут нужно отметить, что с момента основания институт пережил не одну и даже не две интриги. Под общей крышей собрались люди самых разных биографий, социального происхождения, уровня образования и общей культуры. Нет ничего удивительного в том, что они по-разному понимали задачи Реактивного института и перспективы развития ракетного дела, что каждый из них считал свою работу наиболее важной и старался убедить в этом других, и прежде всего – шефов из военного руководства. Вот и начались ссоры, пошли по инстанциям кляузы. Атмосфера в институте очень быстро накалилась.

С началом террора против высших должностных лиц армии у конфликтующих групп внутри НИИ-3 появилась уникальная возможность разобраться с конкурентами раз и навсегда – к этому прямо подталкивала и политика поиска «врагов народа». Под подозрение мог попасть любой – от директора до простого техника. Одним из самых активных доносчиков, решивших очистить НИИ-3 от «выдвиженцев» Тухачевского, стал военинженер 2-го ранга Андрей Костиков. Он испытывал острую обиду на Ивана Клеймёнова, Сергея Королёва и Валентина Глушко, которые считали его «малограмотным склочником». И в апреле 1937 года передал в партком института «заявление» на шести машинописных страницах, в котором сообщал:

«Раскрытие контрреволюционной троцкистской диверсионной вредительской шайки, их методов и тактики настойчиво требует от нас еще глубже присмотреться к нашей работе, к людям, возглавляющим и работающим на том или ином участке Ин-та. Конкретно я не могу указать на людей и привести факты, которые давали бы достаточное количество прямых улик, но, по моему мнению, мы имеем ряд симптомов, которые внушают подозрения и навязчиво вселяют мысль, что у нас не всё обстоит благополучно. В основном мне кажется, что методы руководства работой и вся наша система направлены на занижение темпов в работе и на неправильное ориентирование. <…>

Работы по двигателям на жидком топливе начаты Глушко В. в Ленинграде (Газодинамическая лаборатория) еще в 1928 году.