Впрочем, тучи над ракетчиками начали сгущаться несколько позже. В том апреле Георгий Лангемак, Сергей Королёв и Валентин Глушко вели лекционный курс по основам ракетной техники в Московском планетарии. Летом в Наркомате оборонной промышленности готовились наградные листы: к примеру, Клеймёнов и Лангемак должны были получить ордена Ленина за «реактивные снаряды». Видя, что его «заявление» не принесло результата, Андрей Костиков удвоил усилия по дискредитации собственного руководства, привлекая к своей деятельности других «обиженных». 21 июня он устроил склоку на техническом совещании, собранном в целях оценки результативности работ.

Для изучения деятельности ракетчиков в НИИ-3 направили комиссию из Отдела науки, научно-технических изобретений и открытий ЦК ВКП(б). Результаты проверки этой комиссии 16 июля 1937 года были направлены наркому оборонной промышленности:

«Обследование Реактивного научно-исследовательского института (НИИ-3 НКОП) выявило, что в результате невнимания к нему 4-го Главного Управления НКОП, неумелого руководства и голого администрирования директора Клеймёнова этот институт дезорганизован и мало продуктивен.

Исключительное значение НИИ-3 в разработке новых средств вооружения требует, как известно, особого внимания к подбору и проверке кадров, к организации охраны и установления порядка, предотвращающего деятельность в нем шпионов и вредителей. Однако этого нет. <…>

В институте имеют место частые аварии, и только после нашего вмешательства введена система их расследования и изучения. <…>

Считаем необходимым провести следующие мероприятия:

1. Немедленно укрепить руководство НИИ-3, сняв с этой работы т. Клеймёнова. <…>

4. Обязать нач. 4-го ГУ НКОП упорядочить организацию работы в институте и очистить институт от подозрительных элементов».

6 августа состоялось заседание бюро Октябрьского РК ВКП(б), на котором Клеймёнову был объявлен выговор с занесением в личное дело и сформулирована просьба в адрес Наркомата обороны об освобождении его от должности директора института. На этом бюро Ивану Терентьевичу не дали даже выступить, его сообщение было сорвано грубыми выкриками из зала.

На директора НИИ-3 и ракетчиков продолжали поступать «заявления». Иван Клеймёнов не оставался в долгу: он трижды обращался в Экономическое контрольное управление НКВД. Вот текст одного из писем:

«В дополнение к ранее посланному письму сообщаю, что 2 года назад в Институте образовалась группа, игравшая активную роль в снижении темпов работ по реактивному вооружению. Она требует сокращения работ по пороховым ракетам и азотно-кислотным ЖРД для усиления работ по кислородному сектору.

В число активистов группы входят А. Г. Костиков, М. К. Тихонравов, Л. К. Корнеев, Л. С. Душкин и другие. Вне института этой группой руководит ставленник расстрелянного шпиона М. Н. Тухачевского в лице Я. М. Терентьева, исключенного из партии и уволенного из рядов НКО.

Все это требует следствия и привлечения к ответственности».

Как видите, к обвинениям во «вредительстве» прибегали обе стороны конфликта. Сергей Королёв отдалился от этой «подковерной» схватки, ушел в работу, надеясь, что все разрешится само собой. Однако машина репрессий требовала новых жертв, и опасность угрожала всем, кто так или иначе был связан с Тухачевским. По воспоминаниям членов семьи, настроение конструктора в те дни практически всегда было подавленным.

Неприязнь Клеймёнова к Королёву, возникшая еще в первые месяцы работы РНИИ, переросла в прямое давление – очевидно, директор полагал, что конструктор в силу своей принадлежности к «гирдовцам» поддержит группу Костикова в борьбе за власть. В июле 1937 года Клеймёнов отозвал данную ранее конструктору рекомендацию в партию, а 20 августа Сергея Павловича исключили из рядов «сочувствующих», что закрывало Королёву путь к какому-либо карьерному росту.