Книга Ослера произвела на Гейтса совершенно иное впечатление, так как в ней был налицо парадокс. Во-первых, книга показывала, что у медицинской науки огромнейшие перспективы. Но, во-вторых, она не скрывала, что до их воплощения в жизнь еще далеко. «Мне стало ясно, что у медицины едва ли есть надежда превратиться в науку, — говорил Гейтс, — если не найдутся знающие люди, готовые посвятить себя неустанным трудам и исследованиям, получающие достойную оплату и независимые от практики… Это была величайшая возможность многое дать миру, и мистер Рокфеллер стал бы в этом первопроходцем».

Тем временем Джон Рокфеллер — младший успел побеседовать об идее финансирования медицинских исследований с двумя выдающимися врачами — Эмметтом Холтом и Кристианом Гертером, бывшими студентами Уэлча. Оба горячо поддержали идею.

2 января 1901 г. в Чикаго умер от скарлатины внук Рокфеллера-старшего Джон Рокфеллер-Маккормик, внук знаменитого изобретателя Сайруса Маккормика.

В том же году был организован Рокфеллеровский институт медицинских исследований. Это изменило все.

Уэлч отклонил предложение возглавить новый институт, но взял на себя все хлопоты по началу его работы, заседая и в совете попечителей, и в совете научных директоров. В научный совет вошли также Холт и Гертер, старый приятель Уэлча Митчелл Прадден и Теобальд Смит из Гарварда. Смит, один из ведущих бактериологов мира, был первым кандидатом Уэлча на пост директора, но он отказался, объяснив, что изучает в основном болезни животных (например, он разработал вакцину для предупреждения чумы свиней), а на эту должность, по его мнению, больше подходил тот, кто занимается человеческими заболеваниями. Поэтому Уэлч предложил на должность директора Саймона Флекснера, который ранее оставил Университет Хопкинса и занял престижную профессорскую кафедру в медицинской школе Пенсильванского университета. (От предложения Корнеллского университета, где ему обещали 8 тысяч долларов, Флекснер отказался, но согласился стать профессором в Пенсильвании за 5 тысяч.) Однако назначение Флекснера вызвало споры, и на заседании, где он был утвержден директором, один из профессоров заметил, что принять еврея как профессора — это еще не значит принять его как человека. Этот противник назначения Флекснера ежедневно препирался с другими преподавателями по поводу деловых и личных качеств кандидата…

Словом, Флекснер принял предложение Уэлча, восприняв новую работу как повышение. Но запуск работы института целиком и полностью оставался под жестким контролем Уэлча. И в этом, как вспоминал Флекснер, Уэлч «отказывался от любой помощи, даже организационной. Каждую деталь он проверял лично, каждое письмо писал сам, от руки».

Европейские исследовательские институты либо занимались инфекционными болезнями, либо давали полную свободу таким ученым, как Пастер, Кох и Эрлих. Институт Рокфеллера рассматривал всю медицину в целом как поле своей деятельности: и действительно, с самого начала его ученые исследовали инфекционные болезни, но вместе с тем заложили основу хирургических методов пересадки органов, установили связь между вирусами и раком, а также разработали метод хранения крови.

Поначалу институт предоставлял ученым скромные гранты для исследований на стороне, но в 1903 г. у него появилась собственная лаборатория, а в 1910 г. — и собственная больница. И тогда Флекснер по-настоящему взял дело в свои руки.

У Флекснера был грубоватый характер — этот отпечаток оставила на нем улица. В семье еврейских иммигрантов в Луисвилле (Кентукки) он рос белой вороной. Старшие и младшие братья Саймона блестяще учились в школе, а он не доучился даже в шестом классе. Подростка, замкнутого и водившегося с дурной компанией, выгнал с работы даже его родной дядя, который взял его в свое фотоателье на должность «подай-принеси».