Уэлч придал «Хопкинсу» уют и некоторую монастырскую келейность, создал атмосферу душевной теплоты и близости, а Рокфеллеровский институт, напротив, был резким, угловатым, холодным. Когда иммунизированные лошади, которым делали массивные кровопускания для приготовления сыворотки, уже не могли приносить пользу, Флекснер даже не рассматривал возможность отпустить их на вольный выпас: у них было два пути — либо отправиться на бойню, либо «истечь кровью до смерти во имя науки», то есть ради сыворотки. С такой же легкостью расставался Флекснер и с людьми, избавляя институт от тех, кого называл «неоригинальными»: делал он это сразу, как только у него складывалось мнение. Самым страшным местом в институте был кабинет Флекснера. Он мог быть жестоким, и некоторые выдающиеся ученые его просто боялись. Даже на похоронах Флекснера один нобелевский лауреат так и сказал: «Для доктора Флекснера люди были ничто, главное — успехи института».

Он искал внимания прессы и стремился завоевать авторитет в научном сообществе. Его собственные работы часто вызывали споры. Вскоре после открытия института разразилась настоящая эпидемия менингита на востоке Соединенных Штатов. В борьбе с болезнью было перепробовано все, самые отчаянные меры. Одни врачи пытались использовать противодифтерийную сыворотку, а другие, у которых просто опускались руки, прибегали к дедовскому методу — кровопусканию. В Университете Хопкинса Харви Кушинг пытался шприцом отсасывать гной из спинномозгового канала.

В Рокфеллеровском институте эпидемию менингита восприняли как личный вызов. Рокфеллер и Гейтс ждали результатов. Флекснер горел желанием получить эти результаты.

Десятью годами ранее Уильям Парк, усовершенствовавший дифтерийный антитоксин, создал сыворотку против менингококков. В ходе лабораторных тестов эта сыворотка работала, но при введении ее больным людям эффекта не было. Теперь два немца создали подобную сыворотку, но начали вводить ее непосредственно в спинномозговой канал, а не внутривенно или внутримышечно. Без лечения летальность при менингите достигала 80 %. Из 102 пациентов, которым ввели немецкую сыворотку, умерли 67 %: это был обнадеживающий, хотя и не слишком статистически значимый результат.

Чутье подсказывало Флекснеру, что путь верен. Он повторил немецкий эксперимент и получил летальность 75 %. Но он был упрям и не стал отказываться от продолжения, а приступил к долгой серии экспериментов — он работал и в лаборатории, стараясь увеличить эффективность сыворотки, и «живьем», ставя опыты на обезьянах в поисках наилучшего способа введения. Через три года новый метод был найден: сначала ввести иглу в спинномозговой канал — под твердую мозговую оболочку — и отсосать оттуда шприцем 50 мл спинномозговой жидкости, а затем ввести 30 мл сыворотки. (Если сначала не извлечь некоторый объем спинномозговой жидкости, то введение сыворотки может привести к повышению внутричерепного давления и параличу.) Идея сработала. После введения сыворотки 712 больным летальность снизилась до 31,4 %.

Врачи из Бостона, Сан-Франциско, Нэшвилла и других городов в один голос подтвердили этот эффект. Отзыв был единодушным: «Благодаря новому методу введения сыворотки все практикующие врачи страны получили превосходные результаты».

Не все, однако, признали заслуги Флекснера. Позднее в своем учебнике бактериологии Парк намекал, что вклад Флекснера в разработку сыворотки был не так уж и велик. Разъяренный Флекснер явился в лабораторию Парка: последовал разговор, окончившийся скандалом и взаимными оскорблениями. Впоследствии споры между ними возникали неоднократно, и об одном из них даже пронюхала пресса.

В конечном итоге Флекснеру удалось снизить до 18 % смертность среди больных, инфицированных менингококком — главной причиной бактериального менингита.