Прошло тринадцать лет, прежде чем Франциске был сожжен на костре; вместе с ним сожгли и его книги. (Об этом пишет Ли и сообщается в «Публикациях» Американского еврейского исторического общества.)

Казнь Франциско де Сильвы имела большое значение не только сама по себе, но и по своим последствиям. Из-за этого пострадали многие крещеные иудеи, обвиненные в возвращении к прежней вере.

В то время в Перу было много крещеных евреев, и их деятельность там давала о себе знать: они уже контролировали торговлю этой колонии. Зависть к их богатству привела к тому, что к ним привлечено было внимание инквизиции. В 1636 г. было арестовано около ста человек. Почти все они были богатыми людьми, что явилось огромным искушением для их тюремщиков. Получило известность дело одного из них, Бартоломео де Прадеды, который навлек на себя подозрение, когда внезапно разбогател. Расследование показало, что свое богатство он получил, оказывая подследственным те или иные услуги. Инквизиторы сравнительно терпимо относились к преступникам из собственной среды, если те не были еретиками. Бартоломео только уволили, но его преемник также был уволен за подобные злоупотребления. То же произошло еще с тремя людьми, занимавшими последовательно эту должность. Инквизиторы убедились, что в таких делах необходимы более суровые меры, и трое последних, занимавшие не очень высокое положение, были наказаны: одного послали на галеры, а двое других стали участниками аутодафе. С арестованными иудеями обращались жестоко. Рассказывают, что двадцатисемилетняя Мурсия де Луна умерла, не выдержав пытки. Ее сестра была раздета до пояса и получила публично сто — ударов кнутом. Один восемнадцатилетний юноша, отказавшийся покаяться, подвергся такому жестокому обращению, что сошел с ума.

Одного богача, первого из купцов Лимы, сожгли на костре. В его доме собирались сторонники, для которых он стал лидером. Этот человек, владелец серебряных рудников и плантаций, был сказочно богат. Его попытка совершить самоубийство окончилась неудачей, и он был казнен. Другой жертвой стал Антонио Кордеро, купеческий приказчик. На него донес другой купец, возможно из соображений конкуренции. Этот купец заявил, что он однажды в субботу пришел в магазин, где Кордеро был старшим, и приказчик сказал, что покупателей по субботам не обслуживают. В другой раз он видел в пятницу, как Кордеро обедал в магазине, и спросил его, отчего он не ест свинину. Тот будто бы ответил, что свинину не ели ни его отец, ни его дед, а потому не ест и он. Инквизиторы решили арестовать Кордеро и отправили к нему в магазин фамильяра под видом покупателя. Фамильяр сумел запереть Кордеро в одной из внутренних комнат, а ночью его тайно отвели в тюрьму инквизиции. О быстром и тайном аресте приказчика никто сразу не узнал, и появились слухи, что он бежал, узнав о том, что за ним следит инквизиция.

Кордеро подвергли пытке, и он дал показания на других, так что многие пострадали из-за того, что один человек не ел свинину и не обслужил покупателя в субботу.

Среди жертв инквизиции были и представители многочисленного племени мистиков. Перуанцы верили в чудеса так же, как испанцы, и там было немало «блаженных» и «чудотворцев», которые вызывали подозрения инквизиции.

Особенную известность получило дело «блаженной» Марии Писарро, популярной в 1560-х гг. Она утверждала, что ей являлся архангел Гавриил, открывший ей тайну Непорочного Зачатия. Среди поклонников этой женщины были двое иезуитов-миссионеров, Портильо и Лопес, а также почтенный профессор богословия де ла Крус., Мария, видимо, была истеричкой и считала, что она состоит в связи с дьяволом.

Неприятности начались, когда один из ее поклонников, доминиканец брат Гаско, покаялся в том, что у него есть некоторые вещи, «благословленные дьяволом».

В результате Мария была арестована и, будучи в тюрьме, «покаялась» в том, что ее соблазнил иезуит отец Лопес, после чего сам дьявол предложил ей стать его любовницей, и она согласилась на это.