Некоторое время он провел в уединении, в обществе компаньонки своей бывшей жены, пожилой женщины Марии де ла Тремуиль, которая со дня женитьбы стала умной советницей короля и королевы. Известно было, что ее выбрал для этой цели сам Людовик XIV.

По ее совету Филипп в дальнейшем женился на Елизавете Фарнезе, дочери герцога Пармского. Считалось, что этот брак поможет королю восстановить контроль над владениями в Италии, утраченными в ходе войны. К тому же было известно, что Елизавета получила простое воспитание, а потому, как считала Мария де ла Тремуиль, эта девушка будет верной женой, лишенной честолюбия. Но это была ошибка. Елизавета была на деле очень амбициозной и высокомерной. Филиппу даже пришлось расстаться со своей верной советницей и наставницей, которая вызвала неудовольствие новой королевы. И сам король подпал под влияние своей второй жены, от которого уже не смог полностью освободиться. Елизавета родила ему шестерых детей.

К 1724 г. ипохондрия Филиппа обострилась, и он стал постоянно выискивать у себя разные симптомы. Это еще усилило его зависимость от жены. В январе 1724 г. он объявил, что слишком нездоров, чтобы править королевством, и потому отрекается от престола в пользу своего сына Людовика и будет жить в обществе жены в резиденции Сан-Ильдефонсо, которая была построена по образцу Версаля и напоминала ему Францию. Филипп написал и письмо-наставление своему сыну, в котором требовал, чтобы тот хранил католическую веру и поддерживал инквизицию. За двадцать пять лет характер короля очень изменился. Он стал не только ипохондриком, но и человеком набожным, даже суеверным, что мешало ему ориентироваться в реальной обстановке. Он не видел застоя в хозяйстве католической Испании и словно не замечал возрастающего могущества «еретической» Англии. Поэтому он готов был даже поддерживать инквизицию при условии, что она не будет претендовать на первенствующую роль в государстве.

Людовик был уроженцем Испании, что само по себе импонировало испанцам, а кроме того, это был милый и дружелюбный юноша, заслуживший прозвище Людовика Доброго. Однако всего через семь месяцев после восшествия на трон он скончался от оспы, и, так как следующему сыну Филиппа, Фердинанду, было всего одиннадцать лет, Филиппу оставалось только снова принять корону. Надежды, связанные с вступлением на престол Филиппа в начале его царствования, в целом не сбылись. Будь он более сильным правителем, возможно, могущество инквизиции было бы подорвано в его правление. Правда, как уроженец Франции, он считал, что короли должны поощрять искусство и литературу, но какая свободная литература возможна при господстве инквизиции? Он создал Национальную библиотеку, Академию языков, истории и медицины и семинарию для дворян. Однако цензура не допускала распространения в Испании многих новых идей, которые уже завоевали популярность в ряде других стран Европы.

Филипп, очевидно, не был достаточно сильным, чтобы произвести реальные перемены в жизни Испании, о чем можно судить на примере дела Бельяндо. Король разорвал отношения с папой римским, который во время войны признал австрийского эрцгерцога испанским королем. Поэтому Филипп выслал папского нунция и перестал платить налог в Рим. Старая ссора между королями и папами получила новый импульс в связи с делом, в котором был замешан Великий инквизитор Гидис. Он был отстранен от должности и выслан. Некий Бельяндо написал историю своего времени, посвященную королю и королеве, где упоминал и о деле Гидиса. Король и королева были удовлетворены прочитанной книгой, но инквизиция решила конфисковать книгу из-за описания дела Гидиса. Бельяндо был заключен в тюрьму, даже несмотря на то, что предлагал выкинуть из книги ту часть, которая показалась инквизиторам оскорбительной.