2. Разрозненные листы копии рукописи № 1 рукой С. А. Толстой и других переписчиков, с исправлениями Толстого. Всего 101 лл., в том числе 88 лл. 4° и 13 обрезков. 50 лл. 4° и все обрезки заполнены с одной стороны, 38 лл. 4° – с обеих сторон. Большая часть этой рукописи, именно те листы, где поправок автора было сравнительно немного, была переложена в следующую рукопись. Исправления коснулись преимущественно учений церкви о догматах (гл. I), о познании бога (гл. II), о троичности лиц божества (гл.<style name="font_palatino_linotype">Ѵ</style>), о прародительском грехе (гл. VII), о божественности Христа (гл. XI), об искуплении (гл. XII), о церкви (гл. XIII).

3. Копия всего произведения рукой С. А. Толстой и трех других переписчиков, из которых один – А. П. Иванов. Переписка рукой С. А. Толстой прекращается на л. 123. Содержит всего 564 лл., в том числе 524 лл. 4° и 40 обрезков. 139 лл. исписаны с обеих сторон, остальные – с одной стороны. Лл. 399 и 564 не заполнены. Лл. 145—146 и 259 являются копиями л. 144 об. Первые 530 лл. нумерованы цифрами 1—530; далее пагинация прекращается. Начало: «Я был приведен к исследованию учения»; конец: «познаваемого только жизнью».

Этот экземпляр был составлен из переложенных из рукописи № 2 наименее правленных автором листов и вновь переписанных наиболее правленных листов той же рукописи. Составленная таким образом рукопись была вновь проредактирована Толстым. Таким образом, отдельные листы этой рукописи носят следы как первичной, так и вторичной правки, что видно уже из того, что исправления на одном и том же листе сделаны различными чернилами. Первые 4 лл. данной рукописи были вложены в нее ошибочно: они относятся к рукописи № 4.

В этой рукописи впервые появляется деление на главы, почти целиком соответствующее окончательной редакции.

Автором были подвергнуты существенной переработке почти все главы. Кроме того, в главу XIII (лл. 390—397) была включена статья: «По поводу статей Соловьева, Ив.-П. и Д. Хомякова». К основному тексту здесь присоединено заключение первого религиозно-философского произведения Толстого. Автор начал было пересматривать это заключение и сделал на первых четырех листах несколько поправок, но далее исправления прекращаются. На л. 195 имеются замечания Н. Н. Страхова. Толстой принял их в соображение и тут же внес в текст соответствующие изменения.

Так как в эту рукопись входит предназначавшаяся для «Русской мысли» статья Толстого, написанная в мае 1882 г., то рукопись могла быть составлена не ранее мая – июня 1882 г.

4. Копия рукой нескольких переписчиков, в том числе Т. Л. Толстой, с исправлениями Толстого. 431 лл. 4°, исписанных, кроме 15 лл., с обеих сторон. Лл. 103 и 357 не заполнены. Лл. 241—242, 247—248, 254, 260, 262 и 266 представляют копию лл. 243—244, 249—250, 253 об., 259, 263 и 265. Начальные и конечные слова – те же, что и в предыдущей рукописи. Рукопись переплетена; на переплете наклеена помета рукой Д. П. Маковицкого: «Критика догм. богосл. М. Шмидт», означающая, что экземпляр принадлежал другу Толстого Марии Александровне Шмидт. Рукопись содержит ту последнюю редакцию всего произведения, над которой Толстой работал в октябре 1884 г. Подверглись переработке преимущественно введение и отделы об учении церкви о грехопадении (гл. VIII), о божественности Христа (гл. X) и о церкви (гл. XIII). Некоторые листы правились дважды, что видно по цвету чернил.

По копиям с этой рукописи печатались заграничные издания произведения; с нее же делались рукописные копии для распространения в России. Первые 4 лл. этой рукописи были вложены в рукопись, описанную нами выше под № 3, а из рукописи № 3 первые 4 лл. перешли в данную рукопись, почему начало произведения печаталось до сих пор не в последней редакции.