Это было первое самостоятельное путешествие молодого лейтенанта (ему шёл лишь 22-й год), и оно принесло большие открытия на Сахалине. В тысячевёрстном пути ноги Бошняка так пострадали, что он дней десять мог передвигаться только на костылях, а ещё и жить приходилось в землянке, но настроение было радостное.

В соответствии с приказом Невельского по экспедиции, до начала лета Бошняк совершил второе путешествие — по Амуру. В середине апреля ещё лежал снег, последняя зимняя пурга обрушилась на лейтенанта и его спутника казака Парфентьева, как только они отошли немного от Николаевска. А наутро началась весна. Быстрое таяние снега создало новые трудности: лёд на Амуре утончался, возникали полыньи, частенько проваливались в воду и нарты, и собаки, и сами путешественники. После купания в ледяной воде спасаться можно было только в юртах нивхов.

Пока Амур не освободился ото льда, Бошняк занялся этнографическими изысканиями, собрав большой материал, касающийся образа жизни нивхов и нелегально приезжающих к ним для торговли маньчжур. Приходилось выступать ему и в роли врача, приходя на помощь больным нивхам, которые были уверены, что «лучо» — русские — умеют лечить от всех болезней.

Потом, когда Бошняк описал озеро Кизи и вернулся в Николаевский пост, Невельской решил перенести сюда штаб экспедиции из Петровского. Летом Бошняк, по его указанию, занимался строительством главного поста на Амуре. Однажды все первопоселенцы стали свидетелями падения метеорита: прямо в Амур с шипением и треском упал огромный огненный шар. Сначала он летел с большой скоростью по небу, приблизился к земле, вызвав панический страх в равной степени у нивхов и русских, которые восприняли явление как конец света. Нивхи объясняли падение метеорита по-своему: это разгневанная душа их убитого накануне сородича. Научное же объяснение Бошняка было трудно понять первым поселенцам Николаевского поста.

Вскоре от Невельского пришло новое распоряжение: подготовить основание постов на озере Кизи и в заливе Де-Кастри. Тем временем Николаевский пост оказался в тяжёлом состоянии из-за недостаточного завоза продуктов. Появились случаи заболевания цингой: первой умерла дочь Геннадия Ивановича Невельского.

Лейтенант Бошняк вернулся на пост. Под его руководством было закончено строительство казармы для солдат, а затем и офицерского дома. Люди перебрались из землянок в дома, хотя те ещё не совсем были готовы к зиме.

Зима — лучшее время для экспедиций: замерзшие реки превращаются в удобные дороги. Бошняк с двумя спутниками проехал на собаках по широкой ледяной дороге Амура, повернул на его правый приток Амгунь, а потом и на узкую дорожку её притока, небольшой речки Ами. Эта система рек-дорог привела в предгорья хребта Хинган, ещё не знакомого европейцам. Бошняк установил, что хребет направлен на юго-запад: на карте он был изображён неправильно.

Три человека продвигались к истокам реки Горин. Среди ненаселённой местности, с собаками, выбивающимися из сил, страдая от чудовищных морозов (ночью температура доходила до -40°)... Никакого укрытия от мороза, кроме нарт, спали по очереди, толкая друг друга, чтобы не замёрзнуть. Дошли до реки Горин, обследовали её и пошли на север, к озеру Эворон, а от него к Чукчагирскому озеру и к реке Амгунь. По ней вернулись к Николаевскому посту за неделю до наступления 1853 года, проведя в путешествии почти полтора месяца.

Следующая задача, поставленная Невельским перед Бошняком, была основать пост на заливе Де-Кастри, а потом на нивхских лодках отправиться на юг, чтобы найти залив Хаджи, о котором ничего не было известно ни Лаперузу, ни Крузенштерну.