Вдова Хаджар Сагафи воспитывала сына в духе непримиримости к врагам ислама. Она же дала ему и начальное образование. Родной дом Хомейни покинул только в 19 лет, чтобы поступить в медресе в г. Араке. В 1922 г. для продолжения образования он переехал в г. Кум, слывущий «шиитским Ватиканом». Помимо исламских дисциплин молодой человек увлекся трудами Аристотеля и Платона. Много лет спустя платоновскую «Республику» он положил в основу своей модели исламской республики. Кроме того, юноша писал стихи, которые позже печатались под псевдонимом Хафиз. В целом Рухолла был явно не из последних учеников. По окончании курса он начал преподавать в центре исламских исследований Файзийе, самом авторитетном учебном заведении Ирана.

В 1925 г. молодой человек женился на Батул-ханум, десятилетней дочери одного из богатых и влиятельных религиозных деятелей. Этим он значительно упрочил свое материальное положение, так что брак, очевидно, был заключен в расчете на приданое и связи тестя. Однако семейная жизнь Рухоллы всегда была безупречна. С женой Хомейни прожил всю жизнь и имел от нее 8 детей, трое из которых умерли в детстве. Все дети, конечно, воспитывались в духе мусульманских традиций и обычаев.

В 1937 г. ученый-богослов совершил паломничество в Мекку, которое стало важной вехой его биографии. На обратном пути он остановился в Наджафе, чтобы познакомиться с трудами запрещенного в Иране ал-Банна, принадлежавшего к воинствующей исламской организации «Ихван ал-муслимин» («Братья-мусульмане»). Хомейни сблизился с членами этой организации и привез их идеи на родину. Позже он открыто встал на сторону боевых арабских организаций «Аль-Фатх» и «Хамаз», оказывая им финансовую поддержку.

В 1938 г. Хомейни вернулся в Кум и начал резко осуждать в печати антиклерикальные, а особенно антишиитские тенденции в общественной жизни Ирана, которые поощрял шах Мохаммед Реза Пехлеви. Кроме того, он совершал длительные поездки в глубь страны, призывая население выполнить свой религиозный долг, оплачивая исламо-шиитские налоги, чем значительно упрочил материальное положение кумского духовенства.

Шахский режим, придерживавшийся прозападной ориентации, Хомейни возненавидел еще студентом медресе. В 1925 г. он осмелился публично заявить: «Иран примирится сам с собой лишь с исчезновением династии Пехлеви», – а потом неуклонно преследовал цель свержения шаха. Ведь тот осмелился запретить многие религиозные церемонии, разрешил женщинам не носить чадру, установил контроль за доходами духовенства и предпринял ряд мер по реквизиции его земельной собственности. Кроме того, Хомейни считал шаха узурпатором. Следуя мусульманской традиции, он был убежден, что трон Ирана не может занимать человек, не являющийся в отличие от него прямым потомком пророка.

Его первая встреча с шахом произошла еще в Куме, во время визита венценосных супругов в медресе. Аятолла Бафки осмелился сделать замечание шахине за то, что та вошла в храм с непокрытой головой. Оскорбленный шах ударил почтенного ая-толлу хлыстом по лицу. Возмущенный ученик медресе Рухолла потребовал от учителя наказать обидчика. Но Бафки предпочел стерпеть унижение, а Хомейни сделал вывод: никогда ни в чем не уступать шаху в отстаивании религиозных обычаев и собственного достоинства.

Случай еще раз свел его с Пехлеви в 1946 г. Членами шиитской организации «Федаян-а ислам» был зверски убит крупный иранский историк Ахмед Кесрави, выступавший против шиизма. Не видевшие греха в убийстве оппонента, пять мулл из Кума во главе с Хомейни отправились к шаху, чтобы просить о помиловании убийцы. Принять шах согласился только Хомейни. Его предупредили, что ожидать Пехлеви нужно стоя. Тем не менее вошедший шах увидел Хомейни сидящим.