Старый полководец так был любим своими воинами, что Александр не решился велеть схватить его посреди его войска. Кроме Филота и Пармениона, многие македоняне были казнены как участники заговора.

Вскоре после того Александр отправился походом против Бесса, в Бактрию. В четырнадцать дней он перешел пустынные, покрытые снегом Паропамисские горы посреди бесконечных затруднений и лишений (март 331 года). В безлесных горах нечем было сварить пищу; принуждены были питаться сырым мясом без хлеба. Недостаток в пище дошел наконец до того, что войско питалось кореньями и кониною. Бактрия покорилась без борьбы потому что Бесс, при приближении Александра, бежал через Окс (Аму) в Согдиану. Птоломей, сын Лага, преследовал Бесса и схватил его. Когда цареубийца был приведен к Александру, царь велел влачить его обнаженного, с цепью на шее и поставить с правой стороны на том пути, по которому должно было следовать македонское войско. Александр, проходя мимо Бесса, спросил его, зачем он умертвил своего царя и господина, своего родственника и благодетеля. Тот отвечал, что сделал это не по собственному произволу и решению, но по приговору всех, которые тогда окружали Дария, с целью заслужить тем милость Александра. Царь велел бичевать его и отдал его брату Дария, Оксафру, чтоб перевезти в Бактрию. Там Александр, в следующую зиму, предал его суду собравшихся персидских вельмож и сам явился перед этим судом в качестве обвинителя. Суд приговорил немедленно отрезать цареубийце нос и уши, отправить его в Екбатану и там, на глазах мидян и персов, распять на кресте. Приговор этот был исполнен.

Провинция Согдиана, простиравшаяся к северу до Яксарта (Сыра), была окончательно покорена только в течение 328 года, после упорной борьбы. При Яксарте, на крайнем северо-востоке персидского царства, Александр основал колонию Александрию Есхату (Северную Александрию), предназначенную быть последним средоточием греческой жизни и оборонительным пунктом против разбойнических скифских племен, скитавшихся по ту сторону реки. Ко времени этой войны относится вступление Александра в брак с Роксаною, прекрасной дочерью покоренного бактрийского князя. Этот союз, заключенный по сердечной склонности, принес ему любовь и доверие азиатских народов. В это же время произошел несчастный случай с Клитом. Пока войско располагалось для отдыха в Мараканде, главном городе Согдианы (в нынешнем Самарканде), Александр присутствовал вечером со своими друзьями на веселом пире, по случаю праздника Дионисия. Окружающие царя наперерыв восхваляли его подвиги и превозносили их выше деяний Диоскуров и Геракла. Клит, от природы упрямый и вспыльчивый и уже давно недовольный лестью греческих софистов и покоренных варваров, окружавших царя, слушал с отвращением чрезмерные похвалы; разгоряченный вином, он позволил себе противоречить, льстецам, ценить дела Александра по их действительному достоинству, возвеличивать подвиги его отца и старых полководцев; вспомнил о смерти Пармениона и почитал счастливыми павших на войне, которым не довелось увидеть, как мидяне бьют плетьми македонян и как эти последние принуждены прибегать к персам, прося их о доступе к царю. Многие из старых полководцев осуждали его речь, и Александр сказал одному греку, сидевшему подле него: «Не правда ли, вам, грекам, кажется, что вы между македонянами, как полубоги между дикими зверями?» Но Клит в рвении своем зашел еще далее и воскликнул: «Александр может говорить, что ему угодно, но пусть впредь не приглашает к своему столу людей свободномыслящих; пусть лучше ведет дружбу с варварами и рабами, которые благоговеют перед его персидским поясом и белой одеждой». Эти слова вывели Александра из себя: он взял со стола яблоко, бросил его в голову Клита и стал искать свой меч.