Судьба несчастного Князя Владимира произвела всеобщую жалость: забыли страх; слезы лилися в домах и в храмах. Никто без сомнения не верил объявленному умыслу сего Князя на жизнь Государеву: видели одно гнусное братоубийство, внушенное еще более злобою, нежели подозрением. Он не имел великих свойств, но имел многие достохвальные: мог бы Царствовать в России и не быть тираном! Сносил долговременную, явную опалу свою с твердостию, ждал своей неминуемой гибели с каким-то Христианским спокойствием и приводил добрые сердца в умиление, рождающее любовь. Иоанн слышал — если не смелые укоризны, то по крайней мере воздыхания Россиян великодушных и хотел открытием мнимого важного заговора доказать необходимость своей жестокости для обуздания предателей, будто бы единомышленников Князя Владимира. Сия новая клевета на живых и мертвых была ли только изобретением смятенного ума Иоаннова или адским ковом его сподвижников в губительстве, которые желали тем изъявить ему свое усердие и питать в нем страсть к мучительству? Надеялся ли Иоанн обмануть современников и потомство грубою ложью или обманывал самого себя легковерием? Последнее утверждают летописцы, чтобы облегчить лежащее на Иоанне бремя дел страшных; но самое легковерие в таком случае не вопиет ли на Небо? уменьшает ли омерзение к убийствам неслыханным?

Новгород, Псков, некогда свободные державы, смиренные самовластием, лишенные своих древних прав и знатнейших граждан, населенные отчасти иными жителями, уже изменились в духе народном, но сохраняли еще какую-то величавость, основанную на воспоминаниях старины и на некоторых остатках ее в их бытии гражданском. Новгород именовался Великим и заключал договоры с Королями Шведскими, избирая, равно как и Псков, своих Судных Целовальников , или присяжных. Дети от родителей наследовали и тайную нелюбовь к Москве: еще рассказывали в Новегороде о битве Шелонской; еще могли быть очевидцы последнего народного Веча во Пскове. Забыли бедствия вольности: не забыли ее выгод. Сие расположение тамошнего слабого гражданства, хотя уже и не опасное для могущественного самодержавия, беспокоило, гневило Царя, так что весною 1569 года он вывел из Пскова 500 семейств, а из Новагорода 150 в Москву, следуя примеру своего отца и деда. Лишаемые отчизны, плакали; оставленные в ней, трепетали. То было началом: ждали следствия. В сие время, как уверяют, один бродяга Волынский, именем Петр, за худые дела наказанный в Новегороде, вздумал отмстить его жителям: зная Иоанново к ним неблаговоление, сочинил письмо от Архиепископа и тамошних граждан к Королю Польскому; скрыл оное в церкви Св. Софии за образ Богоматери; бежал в Москву и донес Государю, что Новгород изменяет России. Надлежало представить улику: Царь дал ему верного человека, который поехал с ним в Новгород и вынул из-за образа мнимую Архиепископову грамоту, в коей было сказано, что Святитель, Духовенство, чиновники и весь народ поддаются Литве. Более не требовалось никаких доказательств. Царь, приняв нелепость за истину, осудил на гибель и Новгород и всех людей, для него подозрительных или ненавистных.

В Декабре 1569 года он с Царевичем Иоанном, со всем Двором, со всею любимою дружиною выступил из Слободы Александровской, миновал Москву и пришел в Клин, первый город бывшего Тверского Великого Княжения. Думая, вероятно, что все жители сей области, покоренной его дедом, суть тайные враги Московского Самодержавия, Иоанн велел смертоносному легиону своему начать войну, убийства, грабеж, там, где никто не мыслил о неприятеле, никто не знал вины за собою; где мирные подданные встречали Государя как отца и защитника. Домы, улицы наполнились трупами; не щадили ни жен, ни младенцев. От Клина до Городни и далее истребители шли с обнаженными мечами, обагряя их кровию бедных жителей, до самой Твери, где в уединенной тесной келии Отроча-монастыря еще дышал Св. старец Филипп, молясь (без услышания!) Господу о смягчении Иоаннова сердца: тиран не забыл сего сверженного им Митрополита и послал к нему своего любимца Малюту Скуратова будто бы для того, чтобы взять у него благословение.