Февраля 12, в Понедельник второй недели Великого Поста, на рассвете, Государь призвал к себе остальных именитых Новогородцев, из каждой улицы по одному человеку: они явились как тени, бледные, изнуренные ужасом, ожидая смерти. Но Царь возрел на них оком милостивым и кротким : гнев, ярость, дотоле пылавшие в глазах его, как страшный метеор, угасли. Иоанн сказал тихо: «Мужи Новогородские, все доселе живущие! Молите Господа о нашем благочестивом Царском державстве, о христолюбивом воинстве, да побеждаем всех врагов видимых и невидимых! Суди Бог изменнику моему, вашему Архиепископу Пимену и злым его советникам! На них, на них взыщется кровь, здесь излиянная. Да умолкнет плач и стенание; да утишится скорбь и горесть! Живите и благоденствуйте в сем граде! Вместо себя оставляю вам Правителя Боярина и Воеводу моего Князя Петра Данииловича Пронского. Идите в домы свои с миром!» Еще судьба Архиепископа не решилась: его посадили на белую кобылу в худой одежде, с волынкою, с бубном в руках как шута или скомороха, возили из улицы в улицу и за крепкою стражею отвезли в Москву.

Иоанн немедленно удалился от Новагорода дорогою Псковскою, отправив несметную добычу святотатства и грабежа в столицу. Некому было жалеть о богатстве похищенном: кто остался жив, благодарил Бога или не помнил себя в исступлении! Уверяют, что граждан и сельских жителей изгибло тогда не менее шестидесяти тысяч. Кровавый Волхов, запруженный телами и членами истерзанных людей, долго не мог пронести их в Ладожское озеро. Голод и болезни довершили казнь Иоаннову, так что Иереи в течение шести или семи месяцев не успевали погребать мертвых: бросали их в яму без всяких обрядов. Наконец Новгород как бы пробудился от мертвого оцепенения: 8 Сентября все, еще живые, Духовенство, миряне, собралися в поле у церкви Рождества Христова служить общую панихиду за усопших над тамошнею скудельницею, где лежало 10000 неотпетых тел Христианских! (В первом месте стоял нищий старец Иоанн Жгальцо, который один с молитвою предавал мертвых земле в сие ужасное время.) — Опустел Великий Новгород. Знатная часть Торговой, некогда многолюдной стороны обратилась в площадь, где, сломав все уже необитаемые домы, заложили дворец Государев.

Иоанн готовил Пскову участь Новагорода, думая, что и жители оного хотели изменить России. Там начальствовал добрый Князь Юрий Токмаков и жил славный благочестием отшельник Салос (юродивый) Никола: один счастливым советом, другой счастливою дерзостию спасли город. В Субботу второй недели Великого Поста Царь ночевал в монастыре Св. Николая на Любатове, видя Псков, где в ожидании приближающейся грозы никто не смыкал глаз; все люди были в движении; ободряли друг друга или прощались с жизнию, отцы с детьми, жены с мужьями. В полночь Царь услышал благовест и звон церквей Псковских: сердце его, как пишут современники, чудесно умилилось. Он вообразил живо, с какими чувствами идут граждане к Заутрене в последний раз молить Всевышнего о спасении их от гнева Царского, с каким усердием, с какими слезами припадают к святым иконам — и мысль, что Господь внимает гласу сердец сокрушенных, тронула душу, столь ожесточенную! В каком-то неизъяснимом порыве жалости Иоанн сказал Воеводам своим: «Иступите мечи о камень! Да престанут убийства!.