Хотя сердцу человеческому свойственно доброжелательствовать Республикам, основанным на коренных правах вольности, ему любезной; хотя самые опасности и беспокойства ее, питая великодушие, пленяют ум, в особенности юный, малоопытный; хотя Новогородцы, имея правление народное, общий дух торговли и связь с образованнейшими Немцами, без сомнения отличались благородными качествами от других Россиян, униженных тиранством Моголов: однако ж История должна прославить в сем случае ум Иоанна, ибо государственная мудрость предписывала ему усилить Россию твердым соединением частей в целое, чтобы она достигла независимости и величия, то есть чтобы не погибла от ударов нового Батыя или Витовта; тогда не уцелел бы и Новгород: взяв его владения, Государь Московский поставил одну грань своего Царства на берегу Наровы, в угрозу Немцам и Шведам, а другую за Каменным Поясом, или хребтом Уральским, где баснословная древность воображала источники богатства и где они действительно находились в глубине земли, обильной металлами, и во тьме лесов, наполненных соболями. — Император Гальба сказал: «Я был бы достоин восстановить свободу Рима, если бы Рим мог пользоваться ею». Историк Русский, любя и человеческие и государственные добродетели, может сказать: «Иоанн был достоин сокрушить утлую вольность Новогородскую, ибо хотел твердого блага всей России».

Здесь умолкает особенная История Новагорода. Прибавим к ней остальные известия о судьбе его в государствование Иоанна. В 1479 году Великий Князь ездил туда, сменил Архиепископа Феофила, будто бы за тайную связь с Литвою, и прислал в Москву, где он через шесть лет умер в обители Чудовской как последний из знаменитых народных Владык; преемником его был Иеромонах Троицкий, именем Сергий, избранный по жребию из трех духовных особ: чем Великий Князь хотел изъявить уважение к древнему обычаю Новогородцев, отняв у них право иметь собственных Святителей. Сей Архиепископ, не любимый гражданами, через несколько месяцев возвратился в Троицкую обитель за болезнию. Место его заступил Чудовский Архимандрит Геннадий. — Не мог вдруг исчезнуть дух свободы в народе, который пользовался ею столько веков, и хотя не было общего мятежа, однако ж Иоанн видел неудовольствие и слышал тайные жалобы Новогородцев: надежда, что вольность может воскреснуть, еще жила в их сердце; нередко обнаруживалась природная их строптивость; открывались и злые умыслы. Чтобы искоренить сей опасный дух, он прибегнул к средству решительному: в 1481 году велел взять там под стражу знатных людей: Василия Казимера с братом Яковом Коробом, Михаила Берденева и Луку Федорова, а скоро и всех главных Бояр, коих имущество, движимое и недвижимое, описали на Государя. Некоторых, обвиняемых в измене, пытали: они сами доносили друг на друга; но, приговоренные к смерти, объявили, что взаимные их доносы были клеветою, вынужденною муками: Иоанн велел разослать их по темницам; другим, явно невинным, дал поместья в областях Московских. В числе богатейших граждан, тогда заточенных, Летописец именует славную жену Анастасию и Боярина Ивана Козмина: у первой в 1476 году пировал Великий Князь с двором своим; а второй уходил в Литву с тридцатью слугами, но, будучи недоволен Казимиром, возвратился в отчизну и думал по крайней мере умереть там спокойно. — В 1487 году перевели из Новагорода в Владимир 50 лучших семейств купеческих. В 1488 году Наместник Новогородский, Яков Захарьевич, казнил и повесил многих Житых людей, которые хотели убить его, и прислал в Москву более осьми тысяч Бояр, именитых граждан и купцов, получивших земли в Владимире, Муроме, Нижнем, Переславле, Юрьеве, Ростове, Костроме; а на их земли, в Новгород, послали Москвитян, людей служивых и гостей.