Сие время без сомнения было самым печальнейшим Иоанновой жизни: однако ж Монарх являл и тогда непрестанную деятельность в отношениях государственных. В Шамахе господствовал Султан Махмут, внук Ширван-Шаха, данника Тамерланова и сыновей его. Слабость и бедствия их преемников, смерть завоевателя Персидского, Узун-Гассана, и малодушие его наследников возвратили независимость сей стране Каспийской. Махмут, величаясь достоинством Монарха, желал иметь любовь и дружбу с Государями знаменитыми, каков был Иоанн. Он прислал в Москву Вельможу своего, Шебеддина, с учтивыми и ласковыми словами, на которые ответствовали ему такими же; но Государь не счел за нужное отправить собственного Посла в Шамаху, сведав, может быть, о завоеваниях Измаила Софи, мнимого потомка Алиева, который около сего времени назвался Шахом, овладел Ираном, Багдадом, южными окрестностями моря Каспийского и сделался основателем сильной Державы Персидских Софиев, во дни отцев наших уничтоженной Тахмасом-Кулы Ханом.

Тогда же Иоанн посылал в Венецию грека Дмитрия, Ралева сына, с Митрофаном Карачаровым, и к Султану Баязету Алексея Голохвастова, с коим отправились многие наши купцы в Азов рекою Доном (они грузились на Мече у Каменного Коня). Голохвастов, имея учтивые письма к Баязету и к сыну его, Магмеду Шихзоде, должен был исходатайствовать разные выгоды Московским торговым людям в Баязетовых владениях и сказать Пашам Султанским следующие слова: «Великий Князь не ведает, чем вы обвиняете бывшего у вас Российского Посла Михаила Плещеева; но знайте, что многие Государи шлют Послов к нашему, чтущему и жалующему их ради своего имени: Султан может в том удостовериться опытом». Голохвастов через несколько месяцев возвратился с ответными грамотами от Баязета и Шихзоды: Последний присылал из Кафы в Москву и собственного чиновника, который обедал у Великого Князя. Но дело шло, как и прежде, единственно о безопасной и свободной торговле.

В сей год Иоанн утвердил власть свою над северо-западною Сибирию, которая издревле платила дань Новугороду. Еще в 1465 году — по известию одного летописца — Устюжанин, именем Василий Скряба, с толпою вольницы ходил за Уральские горы воевать Югру и привел в Москву двух тамошних Князей, Калпака и Течика: взяв с них присягу в верности, Иоанн отпустил сих Князей в отечество, обложил Югру данию и милостиво наградил Скрябу. Сие завоевание оказалось недействительным или мнимым: подчинив себе Новгород, Иоанн (в Мае 1483 года) должен был отрядить Воевод, Князя Федора Курбского Черного и Салтыка-Травина, с полками Устюжскими и Пермскими на Вогуличей и Югру. Близ устья реки Пелыни разбив Князя Вогульского, Юмшана, Воеводы Московские шли вниз по реке Тавде мимо Тюменя до Сибири, оттуда же берегом Иртыша до великой Оби в землю Югорскую, пленили ее Князя Молдана и с богатою добычею возвратились чрез пять месяцев в Устюг. Владетели Югорские или Кодские требовали мира, коего посредником был Епископ пермский Филофей; присягнули в верности к России и пили воду с золота пред нашими чиновниками, близ устья Выми; а Юмшан Вогульский с Епископом Филофеем сам приезжал в Москву и, милостиво обласканный Великим Князем, начал платить ему дань, быв дотоле, равно как и отец его, Асыка, ужасом Пермской области. Но конечное покорение сих отдаленных земель совершилось уже в 1499 году: Князья Симеон Курбский, Петр Ушатов и Заболоцкий-Бражник, предводительствуя пятью тысячами Устюжан, Двинян, Вятчан, плыли разными реками до Печоры, заложили на ее берегу крепость и 21 ноября отправились на лыжах к Каменному Поясу. Сражаясь с усилием ветров и засыпаемые снегом, странствующие полки Великокняжеские с неописанным трудом всходили на сии, во многих местах неприступные горы, где и в летние месяцы не является глазам ничего, кроме ужасных пустынь, голых утесов, стремнин, печальных кедров и хищных белых кречетов, но где, под мшистыми гранитами, скрываются богатые жилы металлов и цветные камни драгоценные.