Сей Монарх не слабел ни в проницании, ни в бодрости, ни в усердии ко благу вверенной ему Небом Державы, вопреки своим уже преклонным летам и сердечным горестям, необходимым в жизни смертного. Он лишился тогда супруги: хотя, может быть, и не имел особенной к ней горячности; но ум Софии в самых важных делах государственных, ее полезные советы и, наконец, долговременная свычка между ими сделала для него сию потерю столь чувствительною, что здоровье Иоанново, дотоле крепкое, расстроилось. Веря более действию усердной молитвы, нежели искусству врачевания, Государь поехал в Лавру Св. Сергия, в Переславль, в Ростов и в Ярославль, где находились знаменитые святостию Обители. Там, сопровождаемый всеми детьми, но без всякого мирского великолепия, он в виде простого смертного умилялся пред Богом, ожидая от него исцеления или мирной кончины; но, вкусив сладость Христианской набожности, спешил возвратиться на престол, чтобы устроить будущую судьбу России.

Он написал завещание в присутствии знатнейших Бояр, Князей. Василия Холмского, Даниила Щени, Якова Захарьевича, Казначея Дмитрия Владимировича и Духовника, Архимандрита Андрониковского, именем Митрофана, объявив старшего сына, Василия Иоанновича, преемником Монархии, Государем всей России и меньших его братьев. Тут, в исчислении всех областей Василиевых, в первый раз упоминается о дикой Лапландии; далее сказано, что Старая Рязань и Перевитеск составляют уже достояние Государя Московского, быв отказаны Иоанну умершим его племянником, сыном Великой Княгини Анны, Феодором; именуются также и все города, отнятые у Литвы, Мценск. Белев, Новосиль, Одоев, кроме Чернигова, Стародуба, Новагорода Северского, Рыльска: ибо тамошние Князья хотя и поддалися Государю Московскому, но удержали право владетельных. Другим сыновьям Иоанн дал богатые отчины: Юрию Дмитров, Звенигород, Кашин, Рузу, Брянск. Серпейск; Димитрию Углич, Хлепень, Рогачев, Зубцов, Опоки, Мещовск, Опаков, Мологу; Симеону Бежецкий Верх, Калугу, Козельск; Андрею Верею, Вышегород, Алексин, Любутск, Старицу, Холм, Новый Городок. Имея особенных придворных и воинских чиновников, пользуясь всеми доходами своих городов и волостей, братья Василиевы не могли в оных судить душегубства, ни делать монеты, и не участвовали в выгоде откупов государственных; однако ж Василий обязывался уделять им часть некоторых Московских сборов и не покупать земель в их отчинах, которые оставались наследственными для их сыновей и внуков. То есть меньшие сыновья Иоанновы долженствовали иметь права только частных владельцев, а не Князей Владетельных. Одна Рязань еще представляла тень вольной Державы: Князь ее, Иоанн, умер в 1500 году, оставив пятилетнего сына, именем также Иоанна, под опекою матери, Агриппины, и бабки его, любимой сестры Великого Князя, Анны, которая преставилась в 1501 году, утвердив внука в достоинстве независимого Владетеля, но только именем: ибо государь Московский был в самом деле верховным повелителем Рязани, ее войска и народа. — Исполняя желание отца, Василий и братья его обязались между собою грамотами жить в согласии по родительскому завещанию.

Иоанн хотел утвердить спокойствие нашей Православной Церкви. В сие время возобновилось дело Жидовской ереси , нами описанной.