Между тем мятежники Казанские, послав искать себе Царя в Ногайских Улусах, взволновали Горную сторону; к несчастию, открылась весною ужасная болезнь в Свияжске, цинга, от коей множество людей умирало. Воеводы были в унынии и в бездействии, а Казанцы тем деятельнее: отчасти силою, отчасти убеждениями они заставили всех своих бывших подданных отложиться от России. Государь велел Князьям Горбатому и Шуйскому спешить туда с полками из Нижнего Новагорода; но печальные вести, одна за другою, приходили в Москву: болезнь усиливалась в Свияжске; горные жители, действуя как неприятели, отгоняли наши табуны; Казанцы побеждали Россиян в легких сшибках, умертвив всех Детей Боярских и Козаков, захваченных ими в плен. Воеводы знали, что Астраханский Царевич Едигер Магмед едет из Ногайских Улусов с 500 воинов: стерегли и не умели схватить его на пути; он приехал в Казань и сел на ее престоле, дав клятву быть неумолимым врагом России.

В то же время Иоанн, к прискорбию своему, узнал, что не одна телесная, но и душевная зараза господствует в Свияжске, наполненном людьми военными, которые думали, что они вне России, следственно и вне закона, и среди ужасов смерти предавались необузданному, самому гнусному любострастию. Исполняя волю Иоаннову, Митрополит послал туда умного Архангельского Протоиерея Тимофея с святою водою, с наставлением словесным и письменным к начальникам и ко всем воинам. «Милостию Божиею, мудростию нашего Царя и вашим мужеством, — писал он, — твердыня Христианская поставлена в земле враждебной. Господь дал нам и Казань без кровопролития. Мы благоденствуем и славимся. Литва, Германия ищут нашего дружества. Чем же можем изъявить признательность Всевышнему? исполнением его заповедей. А вы исполняете ли их? Молва народная тревожит сердце Государево и мое. Уверяют, что некоторые из вас, забыв страх Божий, утопают в грехах Содома и Гоморры; что многие благообразные девы и жены, освобожденные пленницы Казанские, оскверняются развратом между вами; что вы, угождая им, кладете бритву на брады свои и в постыдной неге стыдитесь быть мужами. Верю сему, ибо Господь казнит вас не только болезнию, но и срамом. Где ваша слава? Быв ужасом врагов, ныне служите для них посмешищем. Оружие тупо, когда нет добродетели в сердце; крепкие слабеют от пороков. Злодейство восстало; измена явилась, и вы уклоняете щит пред ними! Бог, Иоанн и церковь призывают вас к раскаянию. Исправьтесь, или увидите гнев Царя, услышите клятву церковную».

Государь то присутствовал в Думе, то смотрел полки и снаряд огнестрельный, изъявляя нетерпение выступить в поле. Боярин Князь Иван Федорович Мстиславский и Князь Михайло Иванович Воротынский, названный тогда, в знак особенной к нему милости Иоанновой, слугою Государевым , пошли с главною ратию в Коломну. Передовую дружину вели Князья Иван Пронский-Турунтай и Дмитрий Хилков, правую руку — Боярин Князь Петр Щенятев и Князь Андрей Михайлович Курбский, левую — Князь Дмитрий Микулинский и Плещеев, стражу — Князь Василий Оболенский-Серебряный и Симеон Шереметев, а собственную Царскую дружину — Князь Владимир Воротынский и Боярин Иван Шереметев. Уже полки стояли от Коширы до Мурома; Окою, Волгою плыли суда с запасами и пушками к Нижнему Новугороду: но в Царском совете было еще несогласие: многие думали, что лучше идти на Казань зимою, нежели летом; так в особенности мыслил Шиг-Алей: Иоанн призвал его из Касимова в Москву, осыпал милостями, дал ему несколько сел в Мещере и дозволил жениться на вдове Сафа-Гиреевой, Царице Сююнбеке.