Летом 807 г. х. (1405 г.) первым восстал Сулейман-шах, правитель Туса. Как указывает Абдурреззак Самарканди, поводом к этому была казнь Султана Хусайна. Шахрух выступил в поход против него лично. В этом походе Улугбек находился в свите отца, который поставил его во главе уг-рука ·, когда войско прибыло в Джам. Шахрух, опасаясь возможного союза Сулейман-шаха с Мираншахом и Абу Бекром, находившимися в те дни в Мазандеране, предложил Сулейман-шаху заключить мир. Однако переговоры не дали никаких результатов. И Сулейман-шах, уклонившись от открытого сражения, ушел в Келат, но закрепиться там не смог. Под натиском Са’ид-ходжи, которого направил против него Шахрух, Сулейман-шах бежал в Самарканд и соединился там с Халил-султаном. Са’ид-ходжа, разрушив плавучий мост, построенный на Амударье Сулейман-шахом, вернулся в Герат. Это событие, согласно Абдурреззаку, имело место в середине джумада 1808 г. х. (в ноябре 1405 г.).

В это самое время в Систане подняли восстание эмиры Шах Али, Шах Кутбуддин и Шах Джелалуддин и Шахруху с большим трудом удалось его подавить. Был подавлен бунт также в Гуре и Гармсире. Теперь настало время действовать против Халил-султана, и Шахрух в джумаде I 808 г. X. (ноябре 1406 г.) начал сосредоточивать войска на левом берегу Амударьи. Первыми туда выступили с передовым полком Улугбек и Шахмелик. Они остановились в Андхуде. Вслед за ними с большим полком выступил сам Шахрух и разбил лагерь в Кизыл-Рабате, в Бадгисе. По замыслу Шахруха, Улугбек и Шахмелик должны были переправиться на правый берег реки и объединиться здесь с Пир-Мухаммедом. В это же время Халил-султан стоял на противоположном берегу Амударьи. Ему удалось вовремя предупредить нападение Шахруха. Сторожевой отряд был разбит. Улугбек и Шахмелик предложили Халил-султану заключить мир. Между ними был заключен мирный договор, и Халил-султан вернулся на правый берег, а оттуда в Самарканд».

То есть верховная власть осталась в руках Халиль Султана. Шахруху удалось казнить Султан Хусейна, но Улугбек оказался бессилен против Халиль Султана. У него было слишком мало войска, к тому же причин заключить мир оказалось больше, чем продолжать войну: у Халиль Султана была казна Улугбека, жены Улугбека, отец с войском был далеко, союзник Пирмухаммед тоже далеко (в Балхе).

Но и Халиль Султан не хотел войны: войско тоже было слабым, он оказался вдали от своих владений, кроме Улугбека на него в любой момент мог напасть Худайдада, любой просчет — и будет потеряна высшая власть. Мир заключили. Но продлился он совсем недолго: стоило Халиль Султану отойти, как из Балха на него двинулся опоздавший Пирмухаммед. Улугбек тут же присоединил к нему свое войско, и вместе они пошли на Самарканд. Шахрух же — не пошел.

Ему требовалась отсрочка. В его землях шли восстания. Первым, еще ранее, поднял восстание Сулейман-шах. Восставшие были очень недовольны убийством Султан Хусейна и тем, что голову, набитую травами, отправили Пирмухаммеду, а другие части тела выставляли на гератских базарах. Сулейман-шах был племянником Тимура, то есть тоже родственником, он считал, что искавшего защиты и спасения никак нельзя было предавать казни. Недовольных было немало. Так что Шахрух занимался решением собственных дел. С Сулейманом-шахом бороться пришлось долго.

В конце концов, Сулейман-шах бежал к Хал шло, и тот, несмотря на то, что недавно Сулейман предоставлял убежище его врагу, его принял, обласкал и доверил передовой отряд. У Халился тоже были проблемы: Худайдада занял Ташкент и наладил отношения с монголами. Самарканд оказался под угрозой: с севера и востока на него собирались идти войска Моголистана и Худайдады, с запада и юга — войска Пирмухаммеда и выделенного в помощь Улугбека.