Жестокая расправа с Василием возмутила бояр и горожан, в городе начались волнения. Тогда Шемяка, видя, что теряет общественную поддержку, решил обезопаситься: он приехал в Углич к Василию и вынудил того дать обет верности ему, великому князю Дмитрию. Радуясь послушанию Василия, Шемяка устроил пир и пожаловал пленнику в удел Вологду. Но Василий Темный, едва приехав в Вологду, тотчас отрекся от данного обета, бежал в Тверь и в союзе с тверским князем пошел войной на Шемяку. Вскоре боярин Василия Темного Плещеев с небольшим отрядом захватил Московский Кремль, а Шемяка бежал на Север, в Каргополь. Василий II в который раз воцарился в Москве.

В 1447 г. противники заключили мир. Теперь уже Шемяка клялся в верности великому князю Василию II, но ненадолго. Вскоре он нарушил клятву, и снова на Руси началось «нелюбье». В 1450 г. в сражении под Галичем войско Шемяки потерпело поражение, князь бежал в Великий Новгород. Здесь в 1453 г. жизнь изгнанника оборвалась: подкупленный Василием II повар Поганка отравил Дмитрия Шемяку – «дал ему зелье в куряти». Как пишет Н. М. Карамзин, Василий II, получив весть о смерти Шемяки, «изъявил нескромную радость». Еще бы: со смертью Шемяки серьезных соперников у него не осталось. Князь Иван Можайский, сыгравший столь печальную роль в судьбе Василия Темного, сын Шемяки Иван и другие неудачники, укрывшиеся в Литве, не представляли опасности для его власти… Живи и радуйся!

Исчезла одна из величайших мировых империй, рухнул оплот православия, погибла духовная родина русского народа. Конечно, в Москве знали о плачевном состоянии Византии в последние годы ее существования. Когда в 1398 г. султан Баязид осадил великий город, Василий I, как и его соперник, тверской князь, послал деньги византийскому императору. Но оказать действенную помощь гибнущему колоссу Русь не могла…

Крушение Византии поразило русских людей. Отныне Русь была обречена на церковно-культурное одиночество в окружении враждебных ей «папистов» (католиков), «люторов» (лютеран), «агарян» (мусульман) и идолопоклонников. Оборванные корни культуры, осквернение превращенной в мечеть величайшей святыни восточного православия – храма Святой Софии – все это не прошло даром для сознания русских людей, усилило ощущение церковного и политического одиночества, самоизоляции, горделивого сознания своего избранничества. Теперь они думали, что великое греческое царство пало от рук «агарян» за свои грехи и что Бог возложил миссию спасения христианского мира от наступающего Антихриста на Русь – последнее истинное православное царство. Именно Василий II впервые стал называться в тогдашних «Повестях» и «Житиях» царем – защитником православия с соответствующими эпитетами («белый царь всея Руси», «великодержавный царь Руский», «благоразумный царь»). Так к нему перешел титул, которым прежде на Руси называли только хана Золотой Орды.

Другой проблемой Василия стали отношения с Великим Новгородом. Естественно, великий князь был недоволен тем, как Новгород поддержал Шемяку и даже дал ему убежище. В 1456 г. Василий II вместе с татарским отрядом двинулся в поход. В завязавшемся бою у Русы (Старой Руссы) новгородцы потерпели поражение, а их предводители попали в плен. На переговорах в Яжелбицах Василий II заставил новгородцев урезать свои права в пользу Москвы. Теперь Новгород не мог сам вести внешнюю политику. Времена переменились: с годами силы Москвы росли, а недружные новгородцы не думали об упрочении обороны своего государства. Ни с кем из соседей они не состояли в прочном союзе, наоборот, со всеми постоянно ссорились и своими руками готовили погибель своей вольной республики.