В некоторых сочинениях о Смуте, созданных через много лет после этих событий («Сказание о Гришке Отрепьеве», «Иное Сказание»), появилась версия о том, что Дмитрий был отправлен в Углич из-за происков Б. Ф. Годунова, шурина царя Федора. В «Новом летописце» даже утверждалось, что Нагие были подвергнуты репрессиям, поскольку были обвинены в измене. Их якобы отправили в темницы разных городов. Однако в Разрядных книгах, фиксировавших служебные назначения представителей знати и опалы на них, таких данных нет. По их данным С. Ф. Нагой с сыном Иваном в 1584–1590 гг. служили воеводами Васильсурска; М. А. Нагой был одним из воевод Казани; А. Ф. Нагой являлся воеводой Новосили. В Углич поехали Михаил Федорович, брат царицы, Григорий Федорович, Андрей Александрович и Александр Афанасьевич Нагие.

Можно предположить, что вдова Ивана Грозного Мария Федоровна и окружавшие ее лица не слишком были рады переменам в своей жизни, поскольку переселялись из столицы в небольшой волжский городок. К тому же царь Федор Иванович сразу же объявил, что не считает Дмитрия своим родственником, как незаконнорожденного, и запрещает упоминать его имя в церквах во время молитв за здравие царского семейства. Поэтому некоторые представители знати, связанные с Нагими, попытались выступить в их защиту и склонить на свою сторону москвичей. Зачинщиком волнений стал бывший любимец Ивана Грозного Богдан Вельский. Он был назначен дядькой, воспитателем, царевича Дмитрия и в будущем рассчитывал вновь оказаться у трона, поскольку полагал, что у Федора Ивановича, скорее всего, не будет детей и его наследником вполне может стать последний сын Ивана Грозного.

Богдан Яковлевич Вельский

Принадлежал к захудалому дворянскому роду. Смог выдвинуться при царском дворе, поскольку приходился племянником царскому любимцу Малюте Скуратову-Бельскому. Вместе с дядей, видимо, входил в опричнину. После ее отмены в 1577 г. получил чин думного дворянина. В следующем году стал царским оружничим. По утверждению англичанина Дж. Горсея, возглавлял Аптекарский приказ, ведавший царским здоровьем. В последние годы жизни Ивана Грозного Б. Вельский считался царским любимцем. Один из современников писал, что «сердце царево всегда несытне горяше» о Богдане, видимо, намекая на нетрадиционные отношения между ними. Известно, что Вельский отличался особой любовью к красивой одежде и предметам роскоши. После его смерти было обнаружено большое количество изысканных нарядов, которые перешли в казну и были использованы царем Михаилом Федоровичем.

Естественно, что после прихода к власти Федора Ивановича Б. Я. Вельский пытался вновь занять ведущее положение при дворе и даже местничал с казначеем П. Головиным. Когда это не удалось, поднял восстание и начал склонять на свою сторону москвичей. Но был арестован и отправлен в ссылку в Нижний Новгород. В 1598 г. пришедший к власти Б. Ф. Годунов приблизил к себе Б. Я. Вельского и присвоил ему чин окольничего, поскольку он приходился его жене Марии Григорьевне, урожденной Скуратовой-Вельской, двоюродным братом. В 1599 г. царь поручил Вельскому строительство города-крепости на Северном Донце. Но тот, видимо, недовольный назначением, стал произносить речи, порочащие имя царя Б. Ф. Годунова. За это Богдан Яковлевич был вновь отправлен в ссылку, на этот раз в Казань. После смерти царя Бориса в апреле 1605 г. его вдова Мария Григорьевна разрешила родственнику вернуться в Москву. Там он приветствовал Лжедмитрия I и публично признал в нем царского сына. За это получил от самозванца боярский чин. Новый царь В. И. Шуйский вновь выслал Вельского в Казань, но не в ссылку, а на воеводство. Там в 1611 г. он был убит восставшими горожанами.

Биография Б. Я. Вельского показывает, что он стремился любыми путями занять самое высокое место у трона, но после смерти Ивана Грозного это ему уже не удалось сделать.