Опасаясь подтолкнуть детей Василия II к бегству в Орду, князь Дмитрий прибегнул к посредничеству церковных иерархов. Рязанский епископ Иона, которого давно прочили в митрополиты, ездил в Муром, где передал Ряполовским обещание Шемяки освободить Василия II и пожаловать ему удельное княжество. Владыка поклялся на аналое, что детям не будет учинено никакого зла. Когда детей доставили к Шемяке, тот нарушил слово и отправил их к отцу, заточенному в Угличе.

Убедившись в вероломстве Шемяки, князья Ряполовские составили вместе с князем Оболенским и московскими боярами Морозовыми заговор, с тем чтобы силой освободить Василия II из тюрьмы. План не удался, и заговорщикам пришлось бежать в Литву. Но мятеж побудил власти принять меры к тому, чтобы успокоить общество. Собрав епископов и архимандритов «со всее земли», Шемяка стал «прощения просити и каятися». Мнение духовенства взялся выразить основатель Желтоводского монастыря под Нижним Новгородом Макарий. Он заявил, что великому князю надо прежде всего получить прощение у брата Василия II. Совещание, в котором участвовали вместе с иерархами великокняжеские бояре, стало крупнейшей вехой в истории русской смуты. На сцене звучали слова о христианском смирении и взаимном прощении. За кулисами обсуждали более важные вопросы. Дмитрий Юрьевич обещал наделить Василия Васильевича удельным княжеством. Епископ Иона положился на слово Шемяки и выдал ему головой детей свергнутого монарха. Теперь Иона пенял князю на то, что тот «неправду еси учинил, а меня еси ввел в грех и в сором». Московские бояре не остались безмолвными свидетелями конфликта. В конце концов великий князь должен был объявить о своем решении предоставить Василию II удел. Решение не было продиктовано великодушием. Дмитрий близко наблюдал трагедию брата Василия Косого. Косой далеко превосходил Василия II характером и темпераментом. Ослепление разом покончило со всеми его политическими претензиями. Шемяка не сомневался в том, что Василий Темный станет таким же политическим трупом. Не тратя времени, бояре и иерархи выехали в Углич к бывшему монарху. Последний предстал перед собором как человек, сломленный несчастьем раз и навсегда. Он каялся во всех смертных грехах, говорил, что достоин смерти, но брат Дмитрий из милосердия даровал ему жизнь. Слова Василия подтверждали ожидания Шемяки, и он объявил о пожаловании брату удела со столицей в Вологде. Ошибка Шемяки стоила ему престола и головы.

Получив удел, Василий II заехал в Кирилло — Белозерский монастырь. Тамошний игумен без промедления освободил его от присяги Шемяке. Из Кириллова Василий II уехал в Тверь, где заручился союзом с тверским князем. Союз был скреплен помолвкой шестилетнего сына Ивана с тверской княжной Марьей. Дмитрий Шемяка собрал войска и укрепился в Волоколамске, простояв там более месяца. За это время полки его растаяли. Московские бояре и служилые люди почти все отъехали на службу к старому государю. В конце декабря 1446 г. отряды Василия II обошли Волоколамск и при поддержке тверичей заняли Москву.

Русские власти давно пытались упорядочить церковные дела. Князь Дмитрий Шемяка первым отверг традицию, согласно которой русского митрополита избирали не в Москве, а в Константинополе. В 1446 г. епископ Иона привез из Мурома детей свергнутого Василия II, после чего Шемяка «повеле ему итти к Москве и сести на дворе митрополиче». Однако завершил дело лишь Василий II в конце 1448 г. Собор епископов избрал Иону на митрополичий стол, после чего в Успенском соборе «возлагается на плещо его честный амфор и посох великой митрополич дается в руце его». Законность поставления митрополита была сомнительной, и даже в Москве нашлись люди, открыто заявившие об этом. Игумен Пафнутий Боровский запретил братии своего монастыря звать Иону митрополитом. Один из самых преданных Василию II московских бояр В.