Суздальские, ярославские и даже ростовские князья сохранили в своих руках немалую часть своих наследственных вотчинных богатств. Но ликвидация суверенитета некогда независимых княжеств помогла московским властям разрешить труднейшую задачу: создать фонд государственных земель в центральных уездах государства.

Взаимоотношения Москвы с Новгородом развивались по иному типу. В Новгороде знать сломила княжескую власть и основала боярско–вечевую «республику». Княжеский домен подвергся экспроприации. Князьям, приглашенным в Новгород по «ряду» (договору), запрещалось владеть землями в новгородских пределах. Утверждение новых порядков позволило Новгородской земле избежать дробления. К середине XV в. Новгородская земля оставалась крупнейшей из русских земель, не уступавшей по территории Московскому великому княжеству. Высшим должностным лицом вечевой «республики» был архиепископ. Всеми делами Новгорода управляли выборные посадники и бояре, составлявшие Совет господ. Однако важнейшие решения Совета утверждало вече (собрание новгородцев). Новгород был древнейшим городом Руси с высоким уровнем экономики и культуры. Он вел оживленную торговлю со странами Западной Европы при посредничестве Ганзейских городов. На севере владения Новгорода включали Кольский полуостров, на востоке простирались до Урала. Тем не менее при всем своем могуществе «республика» не могла тратить значительные средства на содержание войска, и ее военные силы далеко уступали московским.

В середине XV в. Москва усилила давление на Новгород, добиваясь его подчинения великокняжеской власти. Не имея достаточных сил для обороны, новгородцы пытались опереться на помощь извне. Многие полагали, что только помощь Литвы может уберечь Новгород от судьбы других русских земель, завоеванных Москвой. Пролитовскую партию возглавляла влиятельная семья бояр Борецких. Обращение к католическому королю могло быть истолковано как отступничество от православной веры, вследствие чего вече отказало в поддержке Борецким. Для организации обороны в Новгород был приглашен сын киевского князя Михаил Олелькович. Он доводился двоюродным братом Ивану III, а его отношения с королем Казимиром были далеко не дружественными. Князья Олельковичи исповедовали православную веру и не признавали унии с католической церковью.

Князь Михаил прибыл в Новгород 8 ноября 1470 г. Но ситуация развивалась неблагоприятно для него. За три дня до приезда князя умер архиепископ Иона, его пригласивший. Партия Борецких хлопотала о том, чтобы посадить на архиепископский престол своего ставленника Пимена, ключника умершего владыки.

Московский митрополит Исидор, подписавший Флорентийскую унию, был низложен. Но его ученик Григорий занял митрополичью кафедру в Киеве. Будучи сторонником перехода под власть короля Казимира, Пимен готов был порвать с московской митрополией и подчиниться киевскому митрополиту–униату. «Хотя на Киев мя пошлите, — говорил он, — и там на свое поставление еду».

Помимо Пимена, вече рассматривало еще двух кандидатов. Жребий пал на протодьякона Феофила, решительного противника унии. Приняв сан, Феофил стал собираться «на поставление» в Москву. Партия Борецких потерпела поражение. Их противники поспешили расправиться с Пименом. Его арестовали, а дом разграбили.

Военные приготовления в Москве не прекращались, и в этих условиях Совет господ решил не отпускать Феофила к Ивану III. Архиепископ пригрозил, что сложит сан и вернется в монастырскую келью. Но Новгород не принял его отставки.

Ссылаясь на «старину», Иван III требовал полного подчинения вольного города. В поход на Новгород государь взял с собой дьяка Степана Бородатого, умевшего «говорить по летописям». Летописи оправдывали завоевательные планы Москвы, указывая, что Новгород «из старины» был «отчиной» владимирских князей, и изображали претензии вольного города на независимость как крамолу.