Назначения церковных иерархов весьма точно отразили успех нестяжателей в первые годы правления Василия III. В 1506 г. старец Варлаам был вызван из заволжских пустыней и назначен архимандритом столичного Симонова монастыря. В мае 1509 г. великий князь приказал свести с Новгородского архиепископства Серапиона. 30 апреля 1511 г. сложил сан митрополит Симон. Оба святителя несли прямую ответственность за провал правительственного проекта секуляризации церковных земель на соборе 1503 г.

Отставка двух старших иерархов привела к полному обновлению церковного руководства. 3 августа 1511 г. митрополитом стал симоновский архимандрит Варлаам, известный своей близостью к нестяжателям. Памятуя о резком столкновении Ивана III с Геннадием, Василий III запретил священному собору посылать в Новгород нового архиепископа. Новгородская кафедра оставалась вакантной семнадцать лет.

Вассиан Патрикеев находился в дружеских отношениях с Варлаамом. Именно Варлаам в 1509 г. вызвал князя–инока в Москву и поселил его в Симоновом монастыре. Со временем Патрикеев стал одним из самых влиятельных лиц при великокняжеском дворе. Писец Михаил Медоварцев так характеризовал значение князя–инока: он «великий временной человек, у великого князя ближней». Пользуясь покровительством монарха и поддержкой главы церкви, Вассиан выступил с резкими нападками на Иосифа Волоцкого (Санина). Иосифо — Волоколамский монастырь порвал с удельным государем и перешел под покровительство Василия III. Но это не изменило отношения государя к Волоцкому. В 1512 г. Иосиф жаловался великокняжескому дворецкому, что подвергается «хуле и злословию» Вассиана, но не может оправдаться из–за запрещения государя. В заключение игумен смиренно просил боярина, чтобы тот «печаловался» за него Василию III.

Прения между Вассианом и Иосифом привели к возобновлению споров о монастырских селах. Сочиненная в более позднее время повесть «Прения Иосифа» излагает следующий диалог двух известных церковных деятелей. Иосиф Волоцкий якобы упрекнул Вассиана за то, что тот учит государя у монастырей и церквей «села» отнимать. Вассиан отвечал ему словами: «Сие, Иосифе, на мя не лжеши, что аз великому князю у монастырей села велю отъимати и у мирских церквей».

«Прения» явились памятником публицистики. Тенденциозность этого сочинения сказалась не в фабрикации сведений о выступлении Вассиана против монастырского землевладения, а в освещении характера этого выступления. Нестяжатели никогда не «велели» государю отбирать церковные земли в казну. Тем, кто удалился от мира и дал монашеский обет, доказывал Нил, «не достоит сел имети». Вассиан Патрикеев следовал заветам учителя. Самая характерная черта русского нестяжательства заключалась в неприятии насилия как средства исправления монашества. Секуляризация могла стать спасительной мерой лишь тогда, когда монахи сами пришли бы к осознанию ее необходимости.

Русская церковь сохранила тесные связи с православными греческими монастырями на Афоне. При Василии III московские книжники вели работу по исправлению и переводу богослужебных книг. В помощь им с Афона прибыл образованный богослов Максим (Михаил) Грек, приглашенный в Москву великим князем. Максим происходил из знатного византийского рода Триволис. В 1492 г. он отправился учиться в Италию и провел там десять лет. Во Флоренции он познакомился с выдающимся философом Марсилино Фичино, был свидетелем падения тирании Медичи и торжества Савонаролы.