Летописец весьма точно определяет круг лиц, привлеченных к дознанию на Городище. Опричники допросили архиепископских бояр, многих новгородских служилых людей — детей боярских, а также гостей и купцов. Жертвами судилища стало примерно 200 дворян и более 100 домочадцев, 45 дьяков и приказных и столько же членов их семей.

Суд над главными новгородскими «заговорщиками» в царском лагере на Городище явился центральным эпизодом всего новгородского похода. По–видимому, суд на Городище продолжался три–четыре недели и завершился в конце января. С этого момента новгородское дело вступило во вторую фазу. Описав расправу на Городище, местный летописец замечает: «По окончании того государь со своими воинскими людьми начат ездити около Великого Новгорода по монастырям».

Считая вину черного духовенства доказанной, царь решил посетить главнейшие из монастырей в окрестностях города не ради богомолья, а для того, чтобы самолично присутствовать при изъятии казны, заблаговременно опечатанной опричниками. Сопровождавший царя Г. Штаден писал: «Каждый день он поднимался и переезжал в другой монастырь, где давал простор своему озорству». Опричники забирали деньги, грабили кельи, снимали колокола, громили монастырское хозяйство, секли скотину. Настоятелей и соборных старцев били по пяткам палками с утра до вечера, требуя с них особую мзду. В итоге опричного разгрома духовенство было ограблено до нитки. В опричную казну перешли бесценные сокровища Софийского дома. По данным новгородских летописей, опричники конфисковали казну у 27 старейших монастырей. В некоторых из них Грозный побывал лично. Царский объезд занял самое малое несколько дней, может быть, неделю.

Участники опричного похода и новгородские очевидцы единодушно свидетельствуют о том, что новгородский посад жил своей обычной жизнью, пока царь занят был судом на Городище и монастырями. В это время нормально функционировали городские рынки, на которых опричники имели возможность продавать награбленное имущество. Положение изменилось после окончания суда и монастырского объезда.

Внимательное чтение источников опровергает традиционное представление, будто опричники пять–шесть недель непрерывно громили посад. На самом деле царь закончил суд над монахами за несколько дней до отъезда в Псков. В эти дни опричники и произвели форменное нападение на город. Они разграбили новгородский торг и поделили самое ценное из награбленного между собой. Простые товары, такие, как сало, воск, лен, они сваливали в большие кучи и сжигали. В дни погрома были уничтожены большие запасы товаров, предназначенные для торговли с Западом. Ограблению подверглись не только торги, но и дома посадских людей. Опричники ломали ворота, выставляли двери, били окна. Горожан, которые пытались противиться насилию, убивали на месте. С особой жестокостью царские слуги преследовали бедноту. Вследствие голода в Новгороде собралось множество нищих. В сильные морозы царь велел выгнать их всех за ворота города. Большая часть этих людей погибла от холода и голода.

Опричные санкции против посада преследовали две основные цели: пополнить опричную казну и терроризировать низшие слои городского населения, чтобы ослабить опасность народного возмущения. В истории кровавых «подвигов» опричнины новгородский погром был самым отвратительным эпизодом. Бессмысленные и жестокие избиения ни в чем не повинного населения сделали самое понятие опричнины синонимом произвола и беззакония.

Разделавшись с новгородцами, опричное воинство двинулось к Пскову. Жители этого города поспешили выразить полную покорность. Вдоль улиц, по которым должен был проследовать царский кортеж, стояли столы с хлебом–солью. Царь не пощадил Пскова, но всю ярость обрушил на местное духовенство. Печерскому игумену, вышедшему навстречу царю с крестами и иконами, отрубили голову. Псковские церкви были ограблены дочиста. Опричники сняли с соборов и увезли в слободу колокола, забрали церковную утварь.