Записи синодика опальных помогают воссоздать картину гибели Старицких во всех подробностях. Синодик показывает, что главные свидетели обвинения, повар Молява с сыновьями и рыболовы, якобы участвовавшие в нижегородском заговоре, были убиты до окончания суда над удельным князем. Источники, таким образом, опровергают версию опричников Таубе и Крузе, будто свидетели с самого начала вошли в тайный сговор с опричными судьями и их лишь для вида брали к пытке. Вместе со свидетелями обвинения палачи казнили новгородского подьячего А. Свиязева, показания которого положили начало более широкому расследованию новгородской измены. Как видно из дела, хранившегося в царском архиве, Свиязева погубил донос из земщины. Донос был доставлен в опричнину земским дьяком В. Степановым, который пережил Свиязева всего на полгода.

Учиненный после казни Старицких разгром Новгорода ошеломил современников. Мало кто знал правду о причинах трагедии: с самого начала новгородское дело окружено было глубокой тайной. Опричная дума приняла решение о походе на Новгород в декабре 1569 г. Царь созвал в Александровской слободе все опричное воинство и объявил ему весть о «великой измене» новгородцев. Не мешкая, войска двинулись к Новгороду. В январе 1570 г. царь прибыл в древний город. На Волховском мосту его встречало духовенство с крестами и иконами. Но торжество было испорчено в первые же минуты. Царь назвал местного архиепископа Пимена изменником и отказался принять от него благословение. Будучи человеком благочестивым, царь не пожелал пропустить службу. Церковники должны были служить обедню, невзирая на общее замешательство. После службы Пимен повел гостей в палаты «хлеба ясти». Коротким оказался этот пир. Возопив гласом великим «с яростью», царь велел страже схватить хозяина и разорить его подворье. Опричники ограбили Софийский собор, забрали драгоценную церковную утварь и иконы, выломали древние «Корсунские врата». Грабя Софийский дом, Иван IV как бы завершил вековую борьбу с новгородским своеобразием православия, которую начали московские иерархи после завоевания Новгорода. Новгородская епархия была древнейшей на Руси. Предания о корсунских древностях должны были подкрепить претензии новгородских владык на особое место в русской церковной иерархии. Князь Владимир Киевский крестился в Корсуни. Там началась «Святая Русь». Согласно новгородскому преданию, первый епископ прибыл в Новгород из Корсуни и оттуда же была привезена одна из самых знаменитых софийских реликвий — «Корсунские врата». (В действительности врата были изготовлены в Магдебурге в 1153 г. и привезены в Новгород из Западной Европы.) Отбирая у Софийского дома «Корсунские врата» и некоторые старинные иконы, царь стремился искоренить доказательства древности и самобытности местной церкви.

После разграбления главного храма опричники арестовали слуг архиепископа и многих должностных лиц Новгорода и увезли их в царский лагерь на Городище.

Последующие расправы подробно описаны неизвестным новгородцем, автором «Повести о погибели Новгорода», сохранившейся в составе новгородской летописи. Немецкий источник о разгроме Новгорода, составленный на основании показаний очевидцев и опубликованный уже в 1572 г. во Франкфурте–на–Майне, рисует картину опричных деяний, в деталях совпадающую с летописной. Опричные судьи вели дознание с помощью жесточайших пыток. Согласно новгородскому источнику, опальных жгли на огне «некоею составною мукою огненною». Немецкий источник добавляет, что новгородцев «подвешивали за руки и поджигали у них на челе пламя». Оба источника утверждают, что замученных привязывали к саням длинной веревкой, волокли через весь город к Волхову и спускали иод лед. Избивали не только подозреваемых в измене, но и членов их семей. Связанных женщин и детей бросали в воду и заталкивали под лед палками.

Летописец весьма точно определяет круг лиц, привлеченных к дознанию на Городище.