Самыми видными подсудимыми на процессе о «заговоре» в земщине были члены знатнейших старомосковских нетитулованных фамилий — И. П.Челяднин, Шеины — Морозовы, Сабуровы, Карповы, казначей Х. Ю. Тютин, несколько видных дьяков, а также бывшие старицкие вассалы В. Н. Борисов, И. Б. Колычев, Ф. Р. Образцов. Невозможно поверить тому, что казненные были участниками единого заговора. Подлинные сторонники Старицкого уже покинули политическую сцену. Что же касается Челяднина, то он в дни династического кризиса 1553 г. выступал решительным противником князя Владимира и более всех других способствовал его разоблачению. Окольничий М. И. Колычев также доказал свою лояльность в деле Старицких. Недаром он был послан в Горицкий монастырь для надзора за Ефросиньей Старицкой тотчас после ее пострижения.

Обвинение насчет связей с «крамольником» князем Владимиром служило не более чем предлогом для расправы с влиятельными боярскими кругами, способными оказать сопротивление опричной политике. Пытки открыли перед властями путь к подтверждению вымышленных обвинений. Арестованных заставляли называть имена «сообщников». Оговоренных людей казнили без суда. Исключение было сделано только для конюшего И. П. Челяднина — Федорова и М. И. Колычева. Впрочем, их судили скорым судом. Царь собрал в парадных покоях Большого Кремлевского дворца членов думы и столичное дворянство и велел привести осужденных. Конюшему он приказал облечься в царские одежды и сесть на трон. Преклонив колени, Грозный напутствовал несчастного иронической речью: «Ты хотел занять мое место, и вот ныне ты великий князь, наслаждайся владычеством, которого жаждал!» Затем по условному знаку опричники убили конюшего, выволокли его труп из дворца и бросили в навозную кучу. Фарс, устроенный в Кремле, и вымыслы по поводу того, что конюший домогался короны, показали, что опричному правительству не удалось доказать выдвинутые против него обвинения. Главные «сообщники» Челяднина — нарвский воевода окольничий М. М. Лыков, свияжский воевода боярин А. И. Катырев и казанский воевода Ф. И. Троекуров — были казнены без судебной процедуры.

Как правило, следствие проводилось в строгой тайне, и смертные приговоры выносились заочно. Осужденных убивали дома или на улице, на трупе оставляли краткую записку. Таким образом «преступления заговорщиков» доводились до всеобщего сведения.

Гибель Челяднина решила судьбу Филиппа. Вернувшаяся с Соловков следственная комиссия представила боярам материалы о «порочной жизни» митрополита. Оппозиция в думе была обезглавлена, и никто не осмелился высказать вслух свои сомнения. Покорно следуя воле царя, земская Боярская дума вынесла решение о суде над главою церкви. Чтобы запугать Филиппа, царь послал ему в монастырь зашитую в кожаный мешок голову окольничего М. И. Колычева, его троюродного брата. Филиппа судили в присутствии Боярской думы и высшего духовенства. Филипп отверг все обвинения и попытался прекратить разбирательство. Он объявил о том, что слагает с себя сан по своей воле. Царь отказался признать отречение. Он не забыл пережитого унижения и желал скомпрометировать опального главу церкви в глазах народа.

Филипп вынужден был служить службу после того, как соборный суд вынес ему приговор. В середине службы в Успенский собор ворвались опричники. При общем замешательстве Басманов огласил соборный приговор, порочивший митрополита. С Колычева содрали клобук и мантию, бросили его в простые сани и увезли в Богоявленский монастырь. Признанный виновным в «скаредных делах», Колычев по церковным законам подлежал сожжению, но Грозный заменил казнь вечным заточением в монастырской тюрьме.

Смолкли голоса недовольных в земщине.