В соответствии с официальной версией конюший Челяднин готовился произвести переворот с помощью своих многочисленных слуг и подданных, будто бы посвященных в план заговора. Немудрено, что опричники подвергли вооруженную свиту конюшего и его челядь беспощадному истреблению. Царские телохранители совершили несколько карательных походов во владения Челяднина. Ближние вотчины конюшего разгромил Малюта Скуратов. Заслуги палача были оценены должным образом, и с этого момента началось его быстрое возвышение в опричнине. После разгрома ближних вотчин настала очередь дальних владений. Челяднин был одним из самых богатых людей своего времени. Ему принадлежали обширные владения в Бежецком Верху неподалеку от Твери. Туда царь явился собственной персоной со всей опричной свитой. При разгроме боярского двора «кромешники» посекли боярских слуг саблями, а прочую челядь и домочадцев согнали в сарай и взорвали порохом. Об этих расправах повествует следующая документальная запись синодика: «В Бежецком Верху отделано Ивановых людей 65 человек да 12 человек скончавшихся ручным усечением».

Погром не прекращался в течение нескольких месяцев — с марта по июль. Летом опричники подвели своеобразный итог своей деятельности со времени раскрытия «заговора». «Отделано 369 человек и всего отделано июля по 6‑е число» — читаем в синодике. Примерно 300 человек из указанных в «отчете» были боярскими слугами и холопами.

Непрекращавшееся кровопролитие обострило конфликт между царем и церковью. Следуя примеру митрополита Афанасия, Филипп в знак протеста против действий царя покинул свою резиденцию в Кремле и демонстративно переселился в один из столичных монастырей. Однако в отличие от своего безвольного предшественника Колычев отказался сложить сан митрополита.

Открытый раздор с главой церкви ставил Грозного в исключительно трудное положение. Он вынужден был удалиться в слободу и заняться там подготовкой суда над Филиппом. Опричные власти поспешили вызвать из Новгорода преданного царю архиепископа Пимена. Специально подобранная из опричников и духовных лиц комиссия произвела розыск о жизни Филиппа в Соловецком монастыре и с помощью угроз и подкупа получила показания, порочившие бывшего игумена. Состряпанное комиссией обвинение оказалось все же столь сомнительным, что самый авторитетный член комиссии епископ Пафнутий отказался подписать его. Противодействие епископа грозило сорвать суд над Филиппом. Исход дела должно было определить теперь обсуждение в Боярской думе, многие члены которой сочувствовали Колычеву.

Конфликт достиг критической фазы. 11 сентября 1568 г. Грозный отдал приказ о казни четырех бояр и окольничих. При разгроме «заговора» Челяднина пролилось значительно больше крови, чем в первые месяцы опричнины. На основании записей синодика можно установить, что с конюшим погибло до 150 дворян и приказных людей и вдвое большее число их слуг и холопов. Репрессии носили в целом беспорядочный характер. Хватали без разбора друзей и знакомых Челяднина, уцелевших сторонников Адашева, родню находившихся в эмиграции дворян и т. д. «Побивали» всех, кто осмеливался протестовать против опричнины. Недовольных же было более чем достаточно, и они вовсе не хотели молчать. Дворянин Митнев, будучи на пиру во дворце, бросил в лицо царю резкий упрек: «Царь, воистину яко сам пиешь, так и нас принуждаешь, окаянный, мед, с кровию смешанный братии наших… пити!» Тут же во дворце он был убит опричниками. Помимо дворян, пострадавших от опричных выселений, недовольство выражали казанские ссыльные, разоренные конфискацией родовых вотчин. Полоса амнистий безвозвратно миновала, и теперь некоторые из «прощенных» княжат были убиты. В числе их были трое Хохолковых, Ф. И. Троекуров, Д.