Ключ к реконструкции синодика дало несложное текстуальное наблюдение: опальные с необычным именем записаны в разных списках в окружении одних и тех же лиц. Возникло предположение, что эти тождественные куски текста являются осколками оригинала, уцелевшими при утрате и перестановке страниц. Понадобилось немало времени, чтобы выявить сходные отрывки текста в двадцати известных ранее и вновь выявленных списках синодика. Самым важным был вопрос: в каком порядке располагались выявленные «осколки» в протографе? Решить его помог синодик нижегородского Печерского монастыря. Это единственный список, составленный еще при жизни Грозного. Но исследователи не придавали ему никакого значения по той простой причине, что в нем записаны одни имена (без фамилий), причем добрая половина из них — Иваны. Печерский синодик полностью подтвердил результаты предшествующей текстологической работы: выявленные по другим спискам тождественные отрывки строго соответствовали печерскому тексту. Таким образом, печерский список позволил завершить реконструкцию протографа синодика. По разным спискам удалось расшифровать фамилии всех опальных, кроме трех лиц, а также восстановить множество сведений о месте и обстоятельствах гибели многих из них.

Проверка всех этих данных обнаружила поразительный факт: синодик заключал в себе полный хронологический перечень всех казненных за три года террора (1567–1570). Как объяснить этот факт? Список казненных был составлен явно не по памяти: дьякам пришлось идти в архив, чтобы выполнить приказ Ивана IV. Тогда опричный архив еще находился в полном порядке. Стержнем опричной политики в 1567–1570 гг. был грандиозный политический процесс об измене в пользу удельного князя Владимира Андреевича Старицкого. Дьяки старательно законспектировали документацию этого процесса, сохранив во многих случаях язык и цифры опричных судебных отчетов. Реконструкция оригинала синодика позволила решить сложную и важную источниковедческую задачу воскресить опричный архив, безвозвратно погибший после смерти Грозного. Тем самым была создана основа для оценки самого темного периода в истории опричнины.

События, связанные с эпохой террора, развивались следующим образом. После возвращения из неудавшегося ливонского похода царь казнил нескольких видных дворян — родственников Владимира Андреевича, скомпрометированных его доносом.

Начавшиеся казни вызвали резкий протест со стороны высшего духовенства. Митрополит Филипп посетил царя и долго беседовал с ним наедине. Убедившись в тщетности увещеваний, он улучил момент, когда Грозный со своей свитой явился на богослужение в кремлевский Успенский собор, и при большом стечении народа произнес проповедь о необходимости упразднить опричнину. Кремлевский инцидент кратко и точно передан новгородским летописцем: 22 марта 1568 г. «учал митрополит Филипп с государем на Москве враждовати о опришнины». Благочиние церковной службы было нарушено. Не получив благословения, царь Иван в ярости стукнул посохом оземь и пригрозил митрополиту, а заодно и всей «земле» суровыми карами. «Я был слишком мягок к вам, но теперь вы у меня взвоете!» — будто бы произнес он. На другой день о столкновении царя с митрополитом говорила вся столица.

Протест Филиппа стал симптомом окончательного падения престижа царя в земщине. Приспешники Грозного настоятельно убеждали его прибегнуть к насилию, поскольку в обстановке острого внутреннего кризиса всякое проявление слабости могло иметь для властей катастрофические последствия.

Филипп нарушил клятву «не вступаться в опричнину» и должен был понести наказание. Опричники схватили «его бояр» и, водя по улицам Москвы, забили насмерть железными палицами.