Решающее значение в строительстве приобрели пристрастия Ивана IV, определявшиеся опричниной. Покинув Москву, государь решил сделать своей новой опричной столицей Вологду, затерявшуюся в северных лесах. Он лично наблюдал за строительством вологодского храма Святой Софии (1568–1570). Построенный в подражание Успенскому собору Кремля, этот храм должен был затмить главную московскую святыню.

В эпоху Московского царства идеи государственности приобрели в живописи особое звучание. Одним из самых значительных произведений московской живописи середины XVI в. была большая, в четыре метра длиной, картина «Благословенно воинство небесного царя», известная также под названием «Церковь воинствующая». Ее тема — завоевание Казани и прославление победителя неверных Ивана Грозного. Во главе войска государь возвращается из победоносного похода. Перед ним скачет на красном коне предводитель небесного воинства Архангел Михаил. Православное воинство направляется к «Горнему Сиону» (Москве), перед которым восседает Богоматерь с младенцем на коленях. Позади воинства — огненный «Содом» (горящая Казань). На заднем плане — в торжественном шествии движутся православные предки царя от Владимира Святославича до Александра Невского и Дмитрия Донского с конными и пешими полками.

Старые фресковые росписи Кремля были уничтожены грандиозным пожаром 1547 г. Работы по их восстановлению развернулись в 1547–1552 гг. Красочными фресками были покрыты стены царского дворца — Золотой палаты Кремля. По желанию царя росписью палаты руководил Сильвестр. За мастерами присматривал митрополит Макарий, который сам владел кистью и писал иконы. Митрополит и Сильвестр постарались привлечь в Москву лучших псковских и новгородских мастеров.

Стоглавый собор указал на московскую традицию как образец для подражания в живописи. Ссылки на Рублева содержали в себе косвенное осуждение манеры, преобладавшей в новых московских росписях. На большее члены собора не могли решиться, так как роспись Золотой палаты была одобрена самим царем. Однако в Москве нашлись люди, не побоявшиеся вслух выразить сомнения, возникшие у многих московских ортодоксов. Дьяк Иван Висковатый, талантливый и образованный дипломат, три года «возмущал народ» против вновь написанных икон. Особое негодование у дьяка вызвала четырехчастная икона, принадлежавшая кисти псковских мастеров Остани и Якушки. Икона иллюстрировала догмат воплощения Христа и предназначалась для семейного храма царя — Благовещенского собора. Висковатый отстаивал московскую художественную традицию. Но главный спор касался не художественной, а богословской стороны. Давнее расхождение между новгородско- псковской религиозной культурой, более открытой для западных влияний, и московским ортодоксальным православием вновь дало о себе знать. Через два года после Стоглавого собора московские власти осудили за принадлежность к западной ереси дворянина Башкина. Воспользовавшись этим, дьяк Висковатый открыто заявил, что новые псковские иконы и роспись Золотой палаты заражены той же ересью. Дьяк усомнился в каноничности изображения Христа в виде воина, сидящего на кресте, или нагого ангела, укрытого крыльями. Ему претили аллегории в виде нагих и полунагих фигур, а равно и жанровые картинки, низводившие «божественное» на бытовой уровень. Висковатому казалось недопустимым помещать поблизости от фигуры Христа аллегорическое изображение «блуда» в образе «женки» (женщины), которая «спустя рукава, кабы (как будто) пляшет».