При царе Федоре функционировал опекунский совет, которым практически руководил боярин Н. Романов. После его смерти власть перешла в руки Бориса Годунова.

Годунова причисляют к видным деятелям русской средневековой истории. Полагают, что Борис принадлежал к дворянскому роду татарского происхождения. О происхождении Годуновых сообщает весьма поздний источник «Сказание о Чете», известное по родословным записям начала XVII в. Согласно этому источнику, татарский царевич Чет — Мурза из Золотой Орды стал родоначальником трех фамилий: Сабуровых, Годуновых и Вельяминовых. Чет приехал из Орды на службу в Москву при великом князе Иване Калите. Достоверность приведенного «Сказания», как выяснил С. Б. Веселовский, невелика. Родословную сказку о царском происхождении Годуновых сочинили, скорее всего, монахи костромского Ипатьевского монастыря, служившего родовой усыпальницей Годуновых. Направляясь из Орды в Москву, татарский царевич якобы успел, остановившись в Костроме, основать там православный Ипатьевский монастырь. После воцарения Бориса «Сказание» приобрело особую актуальность. Оно исторически обосновывало «царское» происхождение династии Годуновых, а заодно подтверждало извечную связь новой династии с Ипатьевским монастырем в Костроме.

Годуновы происходили из старинного костромского боярского рода. К XVI в. они растеряли земельные богатства и превратились в заурядных помещиков. Служба в опричнине открыла перед ними блестящие перспективы. Дядя Бориса Дмитрий Годунов возглавил дворцовую стражу в опричнине Грозного. Когда на политическом небосклоне засияла звезда Малюты Скуратова, Дмитрий Годунов женил племянника Бориса на дочери опричника–палача. Годуновы окончательно упрочили свое положение при дворе, сосватав сестру Бориса Ирину царевичу Федору. В конце Ливонской войны произошли события, круто изменившие судьбу Годуновых.

Смерть наследника царевича Ивана открыла перед его братом царевичем Федором путь к трону.

В браке с Ириной Годуновой у Федора не было детей. Это отвечало высшим государственным интересам, пока был жив наследник престола царевич Иван. После гибели Ивана бесплодие царицы Ирины стало внушать опасения Грозному, так как обрекало династию на исчезновение. Царь подумывал о разводе Федора с Годуновой, но не успел осуществить свой план. Опасаясь, что Борис будет сопротивляться разводу, Иван IV отказался назначить его опекуном слабоумного Федора или, во всяком случае, не его назначил регентом. Годунов стал правителем государства благодаря царице Ирине и боярам Романовым, подвергшимся нападкам княжеской аристократии. Интригу против Годуновых и Романовых возглавили князья Шуйские. Они спровоцировали народные беспорядки в столице и пытались разгромить двор правителя. Кремль перешел на осадное положение, а Борис принужден был отправить гонца в Лондон с просьбой о предоставлении ему убежища в Англии.

Род Калиты вырождался. Ирина Годунова неоднократно была беременна, но все ее дети рождались мертвыми. Бояре Шуйские пытались использовать «бесплодие» царицы, чтобы развести ее с мужем и тем самым покончить с влиянием Бориса при дворе. Член регентского совета князь И. П. Шуйский вместе с митрополитом Дионисием обратились к царю Федору с прошением, чтобы он отправил Ирину в монастырь и ради «чадородия» (рождения наследника) вступил во второй брак.

В молодости Федора угнетал страх перед отцовскими побоями. Но даже своенравному деспоту–отцу не удалось принудить безвольного сына к разводу. Еще меньше шансов на успех имели бояре и митрополит, предпринявшие попытку вмешаться в его семейную жизнь.

Интриги Шуйских закончились тем, что 13 октября 1586 г. митрополит Дионисий был лишен сана, пострижен в монахи и сослан в Хутынский монастырь в Новгороде. Сторонники Шуйских из московских гостей были казнены, а сами бояре Шуйские отправлены в ссылку. Регент И. П. Шуйский в конце Ливонской войны стяжал славу лучшего полководца России.