Единственным морским портом России оставался в XVII в. Архангельск. Навигация на северных морях прекращалась на зимний период. Даже в конце столетия в Архангельск прибывало не более 70 кораблей в течение летней навигации. Россия ввозила из Западной Европы оружие, сукна, вина, стекло, бумагу. Предметом вывоза были пушнина, сало, пенька, кожи, лес, холстина. Внешняя торговля находилась всецело в руках иностранных купцов, что вызывало естественное недовольство русского купечества. В 1653 г. власти ввели повышенные пошлины на иностранные товары. Протекционистская политика получила подтверждение в Новоторговом уставе 1667 г. Правительство удвоило пошлины на товары иноземных купцов, проданные ими за пределами Архангельска, и запретило этим купцам розничный торг по всей России.

Длительная война с Речью Посполитой подорвала экономические силы Русского государства и расстроила денежное обращение в стране. Чтобы покрыть военные расходы, казна приступила к выпуску медных денег, принудительно приравняв курс медных денег к курсу серебряных.

Появление в обороте массы обесцененных денег дезорганизовало внутренний рынок. Курс медных денег резко упал, а цены многократно поднялись. Товары стали исчезать с рынка один за другим. Власти собирали налоги серебром, а выплачивали жалованье медью. Приказные люди использовали неразбериху, чтобы набить себе карманы. В обороте появилось много фальшивых денег. С помощью взяток мошенникам–финансистам удавалось избежать какого бы то ни было наказания. В аферах и взятках заподозрена была родня царя — бояре Милославские. В 1662 г. в Москве произошли беспорядки. Толпа москвичей явилась в село Коломенское, где находился царь, и потребовала выдачи бояр Милославских и других изменников. Народ был разогнан вызванными из Москвы стрельцами. Бунт вынудил правительство вернуться к серебряному денежному обращению.

Время правления Алексея Михайловича вошло в историю как «бунташное время». Из всех народных выступлений той эпохи самым разрушительным и кровавым был бунт Разина. Донской атаман Степан Разин совершил разбойный поход на Каспийское море. Казачье войско разграбило несколько провинций на южном берегу Каспия и нанесло поражение персидскому флоту. На Дон разинцы вернулись с богатой добычей. Их столицей стал земляной Кагальницкий городок. К началу 1670 г. под знаменами Степана Разина собралось несколько тысяч казаков, беглых холопов и «гулящих людей» (вольницы). Когда в Черкасск прибыл царский посол Евдокимов, общевойсковой атаман К. Яковлев собрал казачий круг и заявил о своей верности государю. Однако на другой день в столицу Войска Донского явился Разин, добившийся от круга решения о казни Евдокимова, объявленного боярским лазутчиком. По возвращении в Кагальницкий городок разинцы выступили на Москву для искоренения «злых» бояр. Донские казаки попытались воскресить идею «доброго» царя, чтобы взбунтовать народ. «Добрым» царем должен был стать наследник престола царевич Алексей, которого в действительности уже не было в живых. Мятежники утверждали, будто «добрый» наследник спасся от бояр и отца и находится в казацком войске. Роль царевича исполняли поочередно пленный черкесский князь и один из казачьих атаманов. Разин объявил также, будто с ним идет на Москву патриарх Никон, гонимый царем Алексеем. Казаки перешли с Дона на Волгу и захватили Астрахань. Разин обещал народу волю и призывал к поголовному истреблению бояр и чиновников. Мятежных казаков поддержали нерусские народности Среднего и Нижнего Поволжья.