Никон разделял взгляды «боголюбцев», по их взаимоотношения подверглись суровому испытанию, когда он занял патриарший престол и приступил к реформе. Восточные иерархи, зачастившие в Москву, охотно обсуждали с царем и его окружением планы возрождения Византии под эгидой России. Один из таких иерархов предсказал Никону, что после освобождения Константинополя от турок он вернет православию храм святой Софии и станет главой мировой православной церкви. Идеи подобного рода высказывались неоднократно, и московские умы были давно подготовлены к их восприятию. При патриархе Иове теория «Москва — третий Рим» подкрепила претензии московской церкви на равное положение с восточными патриаршествами. При «великом государе» Никоне названная теория получила новую имперскую направленность. Идея мирового православного царства, усвоенная царем Алексеем и Никоном, стала одной из главных причин раскола русской церкви. Поставив под свою власть Украину и имея в виду перспективу дальнейшего объединения православных народов Восточной Европы и Балкан, царь и его советники должны были позаботиться о достижении религиозного единства, без чего империя лишилась бы прочного фундамента. Достичь такого единства можно было двояким способом. Первый заключался в том, чтобы взять за образец московские обряды и переводы и навязать их грекам, украинцам и всему прочему православному миру. Другой путь состоял в том, чтобы внести исправления в московские обряды и книги, следуя новогреческим образцам. Никон избрал второй путь, признав, что русской церкви следует поучиться у более образованных греков и ученых киевских монахов. Ближайшим помощником Никона выступил известный украинский богослов Епифаний Славинецкий. Исправление книг патриарх поручил Арсению Греку. В прошлом Арсений не раз менял веру, был униатом, принял ислам, за что в России был сослан на покаяние в Соловецкий монастырь. Никон освободил Арсения, вызвал с Соловков и определил на Печатный двор. Следуя приказу патриарха, Печатный двор начал исправлять московские книги по греческим оригиналам, а затем церковные власти внесли изменения в обряды. При Грозном митрополит Макарий с собором приговорили креститься двумя перстами, как в Москве, а не тремя — как в Новгороде, повторять возглас «Аллилуйя» дважды, а не трижды, служить литургию на семи, а не на пяти просфорах, писать имя Исус, а не Иисус и пр. Никои, обнаружив расхождения русского обряда с греческим, решительно стал на сторону греков и единоличным приказом велел прихожанам креститься тремя перстами, потому что так крестятся греки.

Собор 1654 г. одобрил новшества и внес изменения в богослужение, из–за чего сократились литургия, обряды крещения и покаяния. Собор предписал ходить вокруг аналоя не по солнцу («посолонь»), а против солнца, отменил поклоны на коленях, когда молившиеся били челом о землю, запретил иконы, написанные не в византийской, а в западноевропейской манере. Еретические иконы подверглись публичному поруганию: с досок соскабливали лики святых и в таком виде носили по городу.

Столкнувшись с сопротивлением бывших друзей, Никон подверг разгрому кружок «боголюбцев»: Аввакум был сослан в Сибирь, Неронов — в Каменский монастырь на Кубенском озере.