Русско–шведская война помогла полякам оправиться от поражения и освободить Польшу от шведских войск. После смерти Богдана Хмельницкого гетман И. Выговский объявил о возвращении Украины под власть польского короля. В войне с царскими войсками казаки опирались на помощь Крымской орды. Летом 1659 г. русские потерпели поражение в битве под Конотопом. С помощью запорожцев хан заманил в западню дворянскую конницу и разгромил ее. По приказу хана пленные дворяне были зарезаны все до единого вместе с их предводителем Пожарским.

Заключив мирный договор со Швецией, Речь Посполитая направила все военные силы против России. Однако взаимное ослабление этих государств усилило позиции Крыма и турок в Восточной Европе. В 1660 г. армия боярина В. Б. Шереметева при поддержке нового гетмана Украины Юрия Хмельницкого предприняла наступление на Львов. Крымские татары, действуя совместно с войском польским, окружили московскую армию и принудили ее сложить оружие. Шереметев оказался в крымском плену. Хмельницкий, не получив своевременно помощи от русских, был вынужден заключить с поляками мирный договор, по которому Украина вновь перешла под власть Польши.

Поражения и внутренние трудности вынудили Россию искать мир с соседями. В 1661 г. русские заключили мир со Швецией и отдали все земли вдоль Невы и в Прибалтике. В 1667 г. Андрусовское перемирие положило конец 13-летней войне между Россией и Речью Посполитой. Россия потеряла литовские земли, но вернула Смоленск, Чернигов и другие города, захваченные поляками в период Смуты. Украина оказалась расчленена на две половины. Левобережная Украина, где гетманом был ставленник Москвы, перешла под власть царя. По условиям перемирия Россия должна была временно, на два года, сохранить под своим управлением Киев, занятый ее войсками. Запорожская Сечь (укрепленный городок на Днепре, бывший столицей Запорожского казачьего войска) признавалась совместным владением Польши и России. Мир был закреплен договором о совместных боевых действиях против турок и татар в случае их вторжения. Война, начатая во имя освобождения православного украинского народа, завершилась разделом Украины. В самой России она породила экономические трудности и финансовый кризис.

Смута поколебала авторитет церкви. Духовенство сознавало необходимость реформы церковной жизни, но среди пастырей церкви не было единодушия. Споры о вере и обрядах стали прологом к церковному расколу. Царь Алексей был человеком глубоко религиозным. Особым влиянием на государя пользовался его духовник Стефан Вонифатьев, собравший подле себя кружок «боголюбцев». В него входили священники, выделявшиеся своим благочестием и даром красноречия. Царь собрал их из разных городов России. Вонифатьев, Иван Неронов, Аввакум Петров, Никон и другие «боголюбцы» заботились об упорядочении церковных дел и обрядов, об исполнении церковью ее высокой нравственной миссии, исправлении книг на Печатном дворе. После Смуты Печатный двор возобновил и расширил масштабы своей деятельности. В свое время Максим Грек пытался исправлять московские рукописные книги по греческим оригиналам, но он кончил свою жизнь в тюрьме. Среди московского духовенства прочно утвердилась мысль о том, что греки не смогли сохранить свою веру в чистоте под властью турок. Тем не менее Печатный двор не мог обойтись без услуг ученых греческих монахов. Ревнители московского благочестия с недоверием следили за их деятельностью. Они были твердо убеждены в том, что после падения Византии на долю Москвы выпала задача сохранения чистоты православной веры, из чего следовало, что при исправлении богослужебных книг за образец должны быть взяты не греческие, а московские рукописные книги. Претензии такого рода, естественно, не встречали сочувствия греков. В середине XVII в. русские люди были потрясены известием о сожжении московских богослужебных книг на Афоне. Напряжение во взаимоотношениях грекофилов и их противников постоянно нарастало. Официальное руководство церкви отвергало любые попытки реформы московских обрядов и обычаев.