Новый патриарх посвятил много времени проведению церковной реформы. Но в силу особенностей своего характера Никон отнюдь не ограничился сферой церковных дел. Подпав под влияние Никона, царь Алексей всемерно поощрял его вмешательство в мирские дела и наконец узаконил дело, пожаловав патриарху чин «великого государя». Пример деда, возродившего сильную царскую власть после Смуты, вдохновлял молодого монарха.

Митрополит Филарет был инициатором Смоленской войны. Никон со всей энергией поддержал планы войны с Польшей в 1654 г. Отправляясь в польский поход, царь Алексей оставил ведать Москву годовалого наследника и при нем «дядьку» (воспитателя) князя Пронского и нескольких других членов думы. Пронский умер в том же году, а дела управления перешли в руки «великого государя» Никона. Именно на него возложил Алексей набор войск и снабжение армии. Глава церкви обращался с боярами без всякого почтения, бранил их за нарушение поста и другие проступки. Боярская дума терпела всевластие Филарета, видя в нем не столько пастыря, сколько отца царя. Произвол бывшего мордовского крестьянина вызывал у родовитых бояр крайнее возмущение. Деятельность патриарха неизбежно должна была натолкнуться на противодействие Боярской думы, члены которой не желали делиться с церковью своими политическими прерогативами.

Никои верил в миссию Руси как спасителя мирового православия и освободителя страждущих под игом турок славянских народов. Царь Алексей не обладал способностями полководца, но патриарх убедил его возглавить поход в пределы Речи Посполитой, дабы оказать помощь православному населению Украины. Для контроля за действиями бояр в условиях начавшейся войны монарх учредил Приказ тайных дел. Приказ появился в то время, когда влияние Никона достигло высшей точки. Новое учреждение не было центром политического сыска. Скорее то была личная канцелярия самодержца, призванная контролировать деятельность думы. Все русские приказы были по существу единой разветвленной канцелярией думы. Исключением стал новый приказ. Во главе его стоял ближний дьяк, не входивший в думу. С получением думного чина такой дьяк терял свой пост. Отправляя бояр в поход, царь приставлял к ним подьячих Тайного приказа, чтобы они все «подсматривали» и без промедления докладывали в Москву. В своей переписке приказ нередко использовал тайные шифры, составленные самим государем. Опека бояр давно тяготила самодержца. В письме к Никону он сообщал, что отправил в отставку старого дворецкого, и с гордостью добавлял: «а слово мое теперь в Дворце добре страшно и делается все без замедления». Патриарх Никон всемерно помогал монарху восстановить сильную власть во всем ее великолепии и «грозе». Царь Иван IV пытался избавиться от опеки Боярской думы с помощью опричнины, Алексей Романов — с помощью Приказа тайных дел. Дьяк Г. Котошихин так определял значение нового учреждения: «в тот Приказ бояре и думные люди не входят и дел не ведяют кроме самого царя», «а устроен тот Приказ… для того, чтобы его царская мысль и дела исполнилися по его хотению, а бояре бы и думные люди о том ни о чем не ведали».

Получив титул «великого государя», Никон фактически стал выполнять функции правителя государства, несвойственные главе церкви. Патриарх не одобрял решений Земского собора 1648 г., а новый свод законов называл «беззаконной книгой», «проклятым законоположением».