Положение в столице оставалось неспокойным. Волнения могли возобновиться в любой момент. Опасность усугублялась глубоким раздором в Боярской думе, парализовавшим все усилия властей. Н. И. Романов не смог получить ключевой пост начальника Стрелецкого приказа. Но эту должность занял его сторонник князь Я. К. Черкасский. Рассчитывая упрочить свои позиции, бояре стали добиваться удаления из Москвы ИД. Милославского, тестя Морозова. Осенью это требование было поддержано многими стрельцами. Однако царь Алексей роздал стрельцам щедрое жалованье, и в угоду ему Стремянный полк подал челобитную о возвращении Б. И. Морозова в Москву. Позднее к обращению присоединились другие стрелецкие полки. В октябре 1648 г. Морозов приехал в Москву, а через несколько дней Я. К. Черкасский подвергся аресту. На пост начальника Стрелецкого гарнизона Москвы был назначен ИД. Милославский. Чудом избежав гибели, Морозов предпочитал теперь действовать из–за кулис. Современники это хорошо понимали. По словам одного из них, все–то «Морозов делает умыслом, будто он теперь ничем не владеет и дал всем владеть Милославскому». Однако пока симпатии народа были на стороне Романова и его сторонников, положение Морозова оставалось шатким. Москвичи открыто говорили, что власти не посмели отправить в ссылку Черкасского, «боясь нас (народ. — Р. С.), что весь мир (столичная община. — Р. С.) качается: как его станут посылать, и боярин Никита Иванович Романов хочет выехать на Лобное место и станет миру говорить и мы за него всем миром встанем, а бояр Морозова и Милославского побьем…».

Осенью в Москве открылся Земский собор, а в январе 1649 г. комиссия Н. И. Одоевского представила собору новый кодекс законов, получивший наименование Соборного Уложения. Как значилось в царском наказе, составители Уложения должны были следовать апостольским правилам и законам «греческих царей» (Византийскому кодексу). Но все же их главная задача состояла в том, чтобы упорядочить законы, изданные в России при новой династии, и вместе с тем удовлетворить требования сословий, выдвинутые в дни мятежа в Москве. В отличие от предыдущих рукописных Судебников Уложение было первым печатным сводом законов. Его издали в количестве 2000 экземпляров и разослали по городам.

Кризис поместного дворянства, явившийся одной из причин Смуты, не был преодолен к середине XVII в., и власти принуждены были считаться с этим. К середине столетия в России было возрождено менее половины пашни, распаханной в XVI в. Упадок фонда государственных (поместных) земель имел катастрофические последствия для мелкого дворянства. Численность служилого сословия неуклонно увеличивалась, и казна не могла обеспечить поместьями поступавших на службу «новиков». Все это неизбежно ускоряло процесс дробления поместий. Власти широко использовали черносошные и дворцовые земли для раздачи знати и дворянам, но их фонды были ограниченными. Земельный голод дворян воскресил проекты секуляризации церковных земель, возникшие еще на соборе 1503 г. Дворянские представители выступили на Земском соборе 1648 г. с предложением конфисковать земли, которые церковь приобрела после смерти Ивана IV в обход изданным им законам. Окружение царя не рискнуло ответить дворянам отказом. Поначалу царь Алексей Михайлович не только принял их челобитную, но и распорядился подготовить всю необходимую документацию. То, что не удалось Ивану III и Василию III, теперь казалось близким к осуществлению. Казна и дворянство с завистью глядели на цветущие церковные имения и не прочь были разрешить свои трудности за счет новых конфискаций. Но сопротивление высшего духовенства было слишком велико, и царь не нашел единодушия даже в своем ближайшем окружении. Дело ограничилось подтверждением законов Грозного, воспрещавшим церкви расширять вотчинные владения.

Система поместного землевладения, основанная на государственной земельной собственности, могла функционировать лишь при наличии сильной центральной власти.