По словам очевидцев, в дни бунта в Москве нашелся монах, почитаемый всеми за примерную жизнь и весьма ревностный к своей вере, он–то и «укротил ярость народа своими убеждениями». Полагают, что этим монахом был Вонифатьев. Но такое предположение неосновательно, так как Вонифатьев не был монахом, а люди того времени четко различали черное и белое духовенство. Никона отличали мужество и воля, и он как нельзя лучше подходил к роли укротителя бунта. Царь высоко оценил услуги архимандрита и через полгода после мятежа сделал его митрополитом Новгородским.

Восстание в Москве не было единичным явлением. В 1650 г. народ восстал в двух крупнейших русских городах, Новгороде и Пскове. В отличие от растерявшегося воеводы глава Софийского дома митрополит Никон действовал в Новгороде столь же энергично, как и в Москве. Едва начался мятеж, он наложил церковное проклятие на его вождей, названных поименно, и на всех участников. В ответ новгородцы ударили в набат и ворвались на митрополичий двор. Они осыпали владыку непотребной бранью, но тот не поддался страху и продолжал убеждать бунтовщиков. Поведение Никона укрепило доверие к нему монарха.

Алексей Михайлович гордился родством с Грозным и увлекался чтением исторических сочинений о нем. Одним из самых драматических эпизодов в истории Ивана IV была казнь митрополита Филиппа. Первым, кто подробно описал мученическую смерть святителя, был князь Курбский. При царе Федоре соловецкие монахи добились разрешения перевезти тело митрополита из тверского Отроча монастыря, где он был задушен, на Соловки. Могила мученика стала местом паломничества богомольцев, местом исцелений и других чудес, привлекавших всеобщее внимание. Иноки Соловецкой обители в течение многих десятилетий собирали материалы для составления жизнеописания своего игумена. Монастырь входил в состав Новгородской епархии, и архиепископ Никон принял в соловецком деле живое участие. В 1652 г. он выехал в Соловки с тем, чтобы перевезти мощи Филиппа на этот раз из Соловков в Москву для погребения в главном храме России, Успенском соборе. Не в привычках Никона было приноравливаться к сильным мира сего. Нисколько не считаясь с симпатиями царя Алексея, Никон заставил его написать покаянное письмо святому Филиппу как бы от имени Грозного. Письмо начиналось словами: «Молю тебя и желаю пришествия твоего сюда (в Москву. — Р. С.), чтобы разрешить согрешение прадеда нашего царя Ивана…» Подчинившись Никону, царь не изменил своих взглядов и после разрыва со своим пастырем поставил ему в вину слова о неправедном мучении Филиппа Грозным. В речах пастыря монарх стал усматривать бесчестье и укоризну блаженной памяти великого государя.

На Соловках Никон получил письмо от царя с извещением о смерти прежнего патриарха и предложением занять опустевшую кафедру. Мятежи в столице и по городам обнаружили бессилие власти перед лицом бунтующего народа и его зависимость от великих бояр. Проча Никона в патриархи, Алексей Михайлович предупреждал его о необходимости ладить с боярами. Будучи митрополитом, Никон с крайней суровостью обращался с великородными членами думы, отчего среди бояр шел ропот: «никогда такого бесчестья не было, что теперь государь нас выдал митрополитам». Уведомив обо всем Никона, государь просил не выдавать его боярам, а говорить от своего лица, будто он узнал о деле не из царского письма.

Никон настоял на том, чтобы церемония его посвящения была проведена подле мощей Филиппа Колычева в Успенском соборе. Посреди богослужения новый патриарх неожиданно для всех объявил об отречении от патриаршего сана.