Когда в 1799 вступил в должность новый генерал-прокурор А. А. Беклешов, Сперанский не только сохранил свои должности, но получил еще и дополнительную — правителя канцелярии Комиссии о снабжении резиденции припасами. В феврале 1800 генерал-прокурором стал П. X. Обольянинов, который получил строгое предписание от императора Павла I об увольнении всех чиновников сенатской канцелярии, служивших при А. А. Беклешове, но тот на свой страх и риск сумел сохранить такого ценного работника, каким считался Сперанский. Более того, выхлопотал ему награду — орден Св. Иоанна Иерусалимского, 2000 душ крепостных в Саратовской губернии и чин статского советника.

После убийства Павла I и отставки П. X. Обольянинова, Сперанский стал служить при тайном советнике Д. П. Трощинском в звании статс-секретаря. 23 апреля 1801 он возглавил 3-ю экспедицию Непременного совета, занимавшуюся гражданскими и духовными делами. В последующие несколько лет состоял при Министерстве внутренних дел в качестве директора департамента, а затем начальника 2-й экспедиции. Ему приходилось даже замещать министра В. П. Кочубея. Сперанский составил несколько записок на имя императора об устройстве судебных и правительственных учреждений в России (1803).

И все же подлинный взлет М. М. Сперанского начался только в 1808, когда он был назначен членом Комиссии составления законов, а в декабре того же года — товарищем министра юстиции и председателем Комиссии составления законов. Прослужив в этих должностях несколько лет, попал в немилость. 17 марта 1812 был уволен со службы и сослан в Нижний Новгород, а в сентябре того же года — в Пермь. Только в 1816 возвращен из ссылки и назначен пензенским губернатором, а в 1819 перемещен на должность сибирского генерал-губернатора (в Тобольск).

В 1821 Сперанскому милостиво было дозволено вернуться в Петербург и предложено место в Государственном совете, он стал также временно управляющим Комиссией составления законов. К этому времени он оставил свои революционные конституционные проекты и уже более не замахивался на ограничение власти императора. В 1825 именно Сперанский стал одним из авторов Манифеста от 13 декабря о вступлении на престол Николая I. После разгрома восстания декабристов, его включили в члены Верховного уголовного суда.

В 1826 М. М. Сперанский возглавил только что обра зован ное 2-е отделение Собственной Его Императорского Величества канцелярии, занимавшееся законодательными вопросами. Именно под его руководством в кратчайшие сроки было подготовлено и издано первое «Полное собрание законов Российской империи» в 56 томах и «Свод законов Российской империи» в 15 томах. Сперанский был членом ряда секретных комиссий и комитетов. В 1835–1837 читал курс юридических наук наследнику престола великому князю Александру Николаевичу. В 1838 он назначается председателем департамента законов Государственного совета. 1 января 1839 ему «пожалован» графский титул за составление Свода военных постановлений.

Награжден многими орденами Российской империи, включая алмазные знаки к орденам Св. Александра Невского и Св. Андрея Первозванного.

Граф М. М. Сперанский скончался 11 февраля 1839; похоронен на Тихвинском кладбище Александро-Невской лавры в Петербурге.

Желая сколь можно ускорить совершением возложенных на комиссию составления законов трудов, Я поручаю вам, особенно и исключительно от всех прочих дел, к производству Правительствующего Сената и департамента Министерства Юстиции принадлежащих, употребить по сей части Действительного Статского Советника Сперанского.