31 августа 1523 г. Эразм писал Цвингли в Цюрих: "Уверен, что отстаиваю почти те же самые убеждения, что и Лютер, но не столь категорично, что позволило мне избежать многих парадоксов и темных мест". Хотя Эразм был не во всем согласен с Лютером, он распространил несколько посланий в его поддержку, предполагая заранее, что они будут опубликованы. В ответ на объявление тезисов Лютера еретическими Эразм отметил, что заблуждение — еще не ересь, — и предложил католическим теологам взамен осуждения Лютера возразить ему. За призыв к диалогу Эразм был обвинен — сначала Лютером, потом Римом — в «нейтрализме» как признаке малодушия. Подобное обвинение могло показаться справедливым накануне очередной беспощадной религиозной распри, когда готовность принять мученичество служила надежным критерием верности своим убеждениям. Однако идеал Эразма — веротерпимость и добросовестный поиск единых духовных корней различных вероучений посредством диалога — приобрел исключительную актуальность в экуменическом движении последней четверти XX в.

После многочисленных отсрочек Эразм, уступив давлению Рима, все же осудил учение Лютера. Несмотря на растущее неприятие новой виттенбергской теологии, Эразм медлил. Завершенный в 1523 г. трактат "De Libero Arbitro" он сдал в печать лишь в августе 1524 г. (первый тираж был отпечатан в сентябре). Сдержанно критикуя учение Лютера, Эразм сосредоточил внимание на его определении свободной воли как фикции. Действительно, отстаивая свои тезисы в ответе на папскую буллу "Exurge Domini", Лютер признавал: "Я неточно выразился, утверждая, что воля без благодати — всего лишь пустой звук. Надо было сказать напрямик, что свобода воли — вообще фикция или понятие, не выражающее никакого смысла, поскольку человек не волен осуществлять выбор между злом и добром. Согласно верному утверждению Уиклифа, осужденного в Констанце, все предопределено заранее".

Эразм четко формулирует свою позицию: "Под свободным выбором мы понимаем могущество человеческой воли, позволяющей человеку направить усилие на спасение собственной души, либо [способной] отвратить от этой цели". Для Эразма свобода выбора между добром и злом — условие sine qua поп человеческой ответственности за свои поступки. "Отсутствие у человека свободной воли означает, что человеку нельзя вменять в вину грех, так как грех есть следствие личного выбора". Более того: утверждая, что человек лишен свободы воли, придется признать, что зло в той же мере исходит от Бога, что и добро. В различных формулировках Эразм настаивает на том, что лишь Божественная благодать способна обеспечить спасение человеческой души. Человек не может спастись собственными силами, но подобно тому, как младенец, наставляемый своим отцом, учится ходить, так же и верующий научается стремиться к добру и отвращаться от зла.

Лютер ответил ему сочинением "De Servo Arbitro" (1525), которое до конца жизни считал одной из наиболее удачных своих работ. Начал он выражением "отвращения, гнева и неприятия", вызванных у него небольшим трактатом Эразма. Ответ Лютера, вчетверо превышающий по объему "De Libero Arbitro", был написан с блеском и страстью, а своей теологической глубиной превосходил сочинение Эразма. Лютер обвинил Эразма в примиренчестве. "Вы хотите выступить примирителем, положить конец нашей борьбе". Для Лютера речь шла об "истине глубокой, насущной, вечной, столь серьезной, что ее следует отстаивать и защищать даже ценой собственной жизни; даже если весь мир не только погрузится в хаос и междоусобицу, но и вовсе будет разодран в клочья и целиком уничтожен". Затем Лютер кратко, однако не без саркастического юмора, ответил на критику Эразма в адрес его богословия.

Эразм, в свою очередь, откликнулся обширным сочинением «Заступник», в котором уже не скрывал своего раздражения и враждебности к Лютеру.