Несмотря на возражения немногочисленных оппонентов, Кальвин утвердил в Женеве собственное понимание церковной реформы, согласно которому, как в догматических, так и в екклезиологических вопросах следует руководствоваться исключительно Библией. Несмотря на постоянное участие в политических, богословских и церковных распрях, он активно занимается литературной деятельностью. Кроме множества писем, перу Кальвина принадлежат толкования Ветхого и Нового Завета; значительное число крупных и мелких работ, трактующих различные аспекты Реформации; проповеди на Послания Апостола Павла и т. д. Однако шедевром Кальвина так и осталось "Наставление в христианской вере", отмеченное к тому же и стилистическим блеском. Его последнее издание на латыни вышло в 1559 г.

Теология Кальвина не представляет из себя оформленной богословской системы. Это скорее совокупность комментариев к Библии.

Кальвин изучает и толкует Священное Писание, руководствуясь учением св. Августина. Чувствуется также влияние идей Лютера, на которого он, впрочем, ни разу не сослался впрямую. Кальвин достаточно оригинально трактует основополагающие для его теологии темы: познание Бога в качестве Творца и Господа; Десять Заповедей и Вера (согласно учению Апостолов); оправдание верой и делами; Божественное предопределение и провидение; два истинных таинства (крещение и причастие); молитва, экклезиастика, проблема светской власти. Согласно воззрениям Кальвина, человек рожден грешником, а "добрые дела" совершает исключительно по благодати. Откровение, запечатленное в Священном Писании, упраздняет разрыв между трансцендентным Богом и человеком. Между тем, человек неспособен познать Бога непосредственно, а лишь в той мере, в какой Он открывается человеку. Верующий приобщается Христу через два святых таинства.

Следует все же признать, что Кальвин — наименее самостоятельный богослов из всех великих реформаторов церкви. После жесткого догматизма последних сочинений Лютера религиозное творчество перестает быть для протестантизма приоритетным. Отныне приоритет отдается борьбе за гражданские свободы и реорганизацию общественных институций, в первую очередь, системы народного просвещения. Лютер доказал — и подтвердил примером собственной деятельности, — сколь велики возможности творческой личности. Право индивидуума отвергнуть все авторитеты, кроме Бога, — еще более, чем отстаиваемое гуманистами "человеческое достоинство", — в результате длительного процесса десакрализации послужило переходу от средневековья к "новому времени", окрепшему в эпоху Просвещения и ставшему необратимым вследствие Французской революции, а также бурного научно-технического прогресса.

Что же касается Кальвина, то он не только в еще большей мере, чем Лютер, содействовал социально-политическому прогрессу своей церкви, но и показал, опять-таки на своем примере, функцию и богословское значение общественной активности, став провозвестником политических теологии, мода на которые сменяла одна другую во второй половине XX в.: теологии труда, теологии свободы, теологии антиколониализма и др. В данной перспективе религиозная история Западной Европы после XVI в. позволяет интегрировать себя в политическую, социальную и экономическую историю.

Последнюю серьезную, но и достаточно непоследовательную церковную реформу провел Тридентский Собор (1545–1563). Начатое с большим опозданием и лишь в ответ на экспансию протестантизма, реформирование католической церкви, уступая исторической необходимости, в первую очередь преследовало все же цель укрепления власти Римского Престола — тогда как многие богословы и верховные иерархи, давно настаивавшие на необходимости глубоких церковных реформ, полагали, что они в первую очередь должны быть направлены на восстановление авторитета епископов за счет ограничения папской власти.