Феодора Мопсуеетского можно было осуждать, но с другой стороны его можно было и защищать. Его можно было осуждать: Феодор был учителем еретика Нестория, если не в собственном, то в переносном смысле, т. е. Несторий несомненно воспитался на сочинениях Феодора и из них усвоил еретические убеждения. Учение Феодора ничем существенно не отличалось от несторианского. Он вооружался против церковного учения, что от св. Марии Девы родился Бог Слово; допускал, что между Богом Словом и человеком Христом во время земной жизни было единение не полное; он отличал в лице Богочеловека храм (человечество) от обитающего в нем Бога, противился названию: Богородицу, которое усвояла церковь св. Марии Деве и пр.. Церковь пятого века, когда развилось и распространилось несторианство, хорошо понимала сродство учения Феодора с Несториевым, и в лице того или другого ее представителя произносила свое слово осуждения против сочинений Феодора. Св. Кирилл, борец против Нестория, в одном послании так отзывается о Феодоре: «Феодор был отцем зломыслия Несториева; сочинения его заключают хуления гораздо худшие Несториевых» (Д. V. 132). В другом послании, писанном к Акакию, епископу Мелитинскому, тот же Кирилл так отзывается о Феодоре: «некоторые удивляются тому, что принадлежит Феодору (написано Феодором) и что содержит в себе конечно равную и даже гораздо более худшую болезнь несчастий (чем Несториева). Ибо не Феодор был учеником Нестория, но последний был учеником первого; они как говорят одними устами, так и один яд изрыгают из своего сердца. Феодор имел хульный язык и перо послушное ему» (Д. V. 173). В послании к самому императору Феодосию младшему Кирилл прямо называет Феодора «отцом несчастия Несториева» (Д. V. 174), и старается вызвать императора принять меры против сочинений Феодора (Д. V, 133). Кирилл кроме этого писал сочинение против заблуждений Феодора, в котором он не находит довольно слов для изображения и изобличения лжеучений Феодора. Здесь он между прочим писал: «Феодор хулит таинство Христа н как бы порицает Бога Слово за то, что Он ради нас благоволил потерпеть истощение. Он величается над неизреченною премудростью, почти говоря вместе с иудеями Спасителю всех: о добре деле каминие не мещем на тя, но о хуле» (). И в другом месте: ужасеся (в оригинале http://azbyka.ru/biblia»?  в книге ст.25 ужаснися) небо о сем ()! О невыносимое злословие! о язык говорящий нечестие против Бога и ум крайне надмевающийся! И еще: «трезвитеся пьяные от вина вашего; перестань воздвигать на высоту рог свой и говорить на Бога неправду ()! Доколе ты будешь ругаться над страждущим Христом» (Д. V. 111–112, 117)? Св. Прокл архиепископ Константинопольский, с своей стороны подобно Кириллу вступает в борьбу с еретическими мнениями Феодора Мопсуестского. Он составил сочинение, в котором собрал извлечения из книг Феодора, заключающие в себе еретические мнения, и послал его в Антиохийский церковный округ с тем, чтобы эти мнения были анафенатствованы, при чем, впрочем, не было у помянуто самого имени Феодора (Д.133). В то время решительною борьбой с мнениями Феодора ознаменовывает себя епископ Равула в Едессе, в Месопотамии. Его ревность становится тем понятнее, когда возьмем во внимание, что Месопотамия сделалась гнездом несторианства, здесь поселились Несториане, и начали переводить сочинения Феодора на сирский, персидский и армянский языки. Равула, требуя Кириллова содействия в борьбе с учением Феодора, писал ему: «какая-то скрытая болезнь застарела на востоке, подобно неизлечимой ране, истощающая тела Церкви и весьма многим неизвестная, а у тех, которые как будто ревностны к учености, тайно уважаемая, ибо епископ Киликийский Феодор, муж умеющий убеждать, иное говорил на трибунале церкви и иные козни на погибель изложил в сочинениях» (Д. V, 137). Государственная власть времен св. Кирилла также не оставалась безучастною зрительницею распространения учения и сочинений Феодора Мопсуестского: она вооружалась на них прещениями.