Согласно летописному свидетельству, к владыке поступил донос на двух новгородских священников — Григория и Ереса (Герасима), которые «пьяни поругалися святым иконам». Геннадий сам подтвердил, что дело возникло после пьяной перебранки и пьяного богохульства: «жидовин» еретик посеял семена иудаизма, и «от того жидовина распростерлась ересь в Ноугородцкой земли, а держали ее тайно, да потом почали урекатися въпиани», о чем владыке тотчас донесли. Богохульство двух священников послужило для церковных властей наглядным доказательством распространения ереси в Новгороде. Дальнейший розыск протекал в соответствии с обычным сценарием. Посредством пыток судьям предстояло вырвать у еретиков признание вины и имена сообщников. Однако выданные на поруки священники сбежали в Москву, надеясь найти там защиту от пастыря.

Розыск остановился, но среди новгородских священников нашелся ренегат, покаявшийся в том, что он вместе с двумя бежавшими попами молился «по-жыдовскы» и прельщал христиан «жидовским десятисловием».

Геннадий не жалел сил, чтобы завершить розыск и организовать громкий судебный процесс. На протяжении двух-трех лет он отыскивал все новые и новые факты, которые доказывали, что преступление двух пьяных священников против священных икон характерно для новгородцев вообще. Может быть, в Новгородской земле нарождалось некое иконоборческое движение, свидетельствовавшее о критике иконопочитания с позиций рационализма? Такое предположение было бы опрометчивым.

По-видимому, дело заключалось в другом. Особенностью массового религиозного сознания на Руси была привязанность к обрядовой стороне. Значительную роль в народной жизни играли иконы. Иностранцев поражали их обилие, а также совсем особое к ним отношение русских. Каждая семья имела одну или несколько икон и молилась им, требуя, как от языческого идола, помощи и заступничества. Когда икона не помогала в беде, ее могли подвергнуть наказанию, бросить наземь, повесить вверх ногами и пр. Осуждение идолопоклонства было одной из устойчивых традиций христианства, которой следовали на Руси. Но ортодоксы всегда опасались, как бы критика идолопоклонства не нанесла ущерба иконопочитанию.

Геннадий Гонзов был едва ли не первым из московитов, проявивших настойчивый интерес к книгопечатанию. По его заданию Ю. Траханиот в 1492–1493 гг. пригласил в Новгород любекского первопечатника Б. Готана. Благодаря посредничеству греков Готан был принят на службу к архиепископу а привезенные им книги — Библия и Псалтырь — поступили в распоряжение софийских книжников. Русь могла воспринять крупнейшее достижение западной цивилизации — книгопечатание, но Готану не удалось осуществить свой проект.

По сведениям поздней любекской хроники, русские власти поначалу осыпали печатника милостями, но позднее отобрали все имущество, а самого утопили в реке. Известие о казни Готана не поддается проверке.

Споры об иконах

В письме епископу Нифонту в 1488 г. Геннадий изложил все известные ему случаи кощунственного обращения новгородцев с иконами и крестами и сделал вывод, что виноваты во всем еретики: «Еретикам ослаба пришла, уже ныне наругаютца христианству — выжут кресты на вороны и вороны; многие видели: ворон, деи, летает, а крест на нем вязан деревян, а ворона, деи, летает, а медян». В деревне на р. Ояти священник и дьякон дали христианину «крест-тельник древо плакун» с вырезанным на нем непристойным изображением. Крестьянин, надевший крест, заболел и умер. Этот случай богохульства Геннадий также постарался связать с ересью.

Помощником священника, осквернившего крест, был некий дьякон, о котором владыка сообщал: «…а сказываетьца племянник Гриди Клочу еретику».