Арест Дмитрия не повлек за собой репрессий против знати. Иван III избегал раздора с могущественным боярством.

Гонения на еретиков способствовали государственному перевороту, приведшему к власти Василия III. Сохранилось письмо Иосифа Волоцкого к духовнику Ивана III Митрофану. В письме Санин вспоминал о покаянии государя и обещании наказать еретиков, данном ему более года назад, — «уже тому другой год от Велика дня (Пасхи. — Р.С.) настал». Полагают, что упомянутое письмо было написано Саниным после Пасхи 1504 г., а покаяние имело место на Пасху 1503 г. Письмо Санина в самом деле можно отнести ко времени, предшествовавшему расправе с еретиками в 1504 г. Но надо иметь в виду, что еретики подверглись осуждению после «розыска по городам». Поездки и допросы отняли много времени. Санин сетовал, что Иван III забыл о своем обещании и не послал судей в города «обыскивать» еретиков. Очевидно, Санин составил письмо после Пасхи 1503 г., а покаяние Ивана III имело место на Пасху 27 марта 1502 г. Государь доверительно сообщил Иосифу, что он прежде того покаялся в своей вине («ведал еретиков», а не преследовал их) и митрополит и епископы уже простили его.

Смысл покаяния раскрылся в последующих беседах. Еретик Ивашка Максимов, жаловался Иван III, «сноху у мене мою в жидовство свел». Вспоминая о первой беседе с самодержцем, Санин горевал об упущенных возможностях: «Туго же было мне ему бити челом, чтоб государь послал… обыскивати еретиков, и (чтобы) князь великий посла мя на дело (обыск. — Р.С.)». Упоминание о посылке «на дело» вызвало много предположений ученых. Полагают, что Иван III хотел заручиться согласием игумена Иосифа «на проведение своих мероприятий» в отношении церкви, либо через Санина рассчитывал получить выморочный Рузский удел и пр. В действительности покаяние великого государя было вызвано отнюдь не мелочными соображениями. Речь шла о будущем трона. Обращение к церкви объяснялось той ролью, которую митрополит играл при коронации монарха. Прошло несколько лет с того дня, как глава церкви совершил миропомазание Дмитрия-внука и короновал его княжеским венцом в Успенском соборе. Теперь Иван III задумал лишить трона законного наследника и соправителя и передать власть удельному князю Василию, рожденному во втором браке. Государю пришлось подумать о том, чтобы обосновать свой шаг и обеспечить новому наследнику благословение церкви.

Покаяние подчинено было политическим целям. Мать Василия III, Софья, завоевала репутацию стойкой поборницы православия. Мать Дмитрия-внука, Елена, покровительствовала вольнодумцам и слыла еретичкой. Акт о низложении законного и «богоизбранного» государя, удостоенного миропомазания, Иван III задумал преподнести как акт спасения истинной веры от ереси. Сын еретички не мог возглавлять православное святорусское государство — «Новый Константинополь».

Московские еретики критиковали церковное «предание» и основанный на нем институт монашества, отвергали «иночьский образ» в принципе и тем самым оправдывали секуляризацию монастырских земель. Арест Елены Волошанки и покаяние Ивана III предопределили крушение так называемой еретической идеологии русских вольнодумцев, что помогло официальной церкви провалить правительственную программу на соборе 1503 г.

Иерархи, оказавшие наибольшее противодействие Ивану III на соборе, не избежали наказания.

Геннадий сразу по возвращении в Новгород «нанят мъзду имати у священников от ставления наипаче первого», т.