Через несколько дней после ареста внука Иван III «пожаловал сына своего Василия, благословил и посадил на великое княженье Володимерьское и Московское и всеа Руси самодеръжцем, по благословению Симона, митрополита всеа Руси». В этом и заключалась главная причина опалы на внука. Трон надо было очистить для Василия.

Австрийский посол Сигизмунд Герберштейн потратил много сил на то, чтобы разузнать правду о династической борьбе в Москве. Он писал: «Говорят, Софья была очень хитра, и по ее наущению князь (Иван III) делал многое. Рассказывают, что, между прочим, она убедила мужа лишить монархии внука Димитрия и поставить на его место Гавриила (Василия III). По настоянию жены князь заключил Димитрия в тюрьму и держал его там. Только перед смертью он призвал к себе Димитрия и сказал ему: «Дорогой внук, я согрешил перед Богом и тобою, заключив тебя в темницу и лишив законного наследства. Поэтому молю тебя, отпусти мне обиду, причиненную тебе, будь свободен и пользуйся своими правами»».

Иван III не помышлял об умерщвлении внука, но желал, чтобы потомство примирилось у его гроба. Было еще одно обстоятельство. По обычаю государь, вступая на трон, объявлял об амнистии. Иван III должен был подготовить к этому шагу наследника. В народе Дмитрий-внук был популярен, и если бы Василий не простил племянника Дмитрия, на это обратили бы внимание.

Были и другие причины, побудившие властелина Кремля вспомнить о низложенном внуке Дмитрии. Мать Дмитрия, еретичка Елена Волошанка, умерла в заточении 18 января 1505 г. В глазах московских властей именно она, а не ее юный сын была ответственна за интриги в пользу сына Дмитрия.

В 1505 г. в Нарве было получено известие, что великий князь смертельно болен, сын Василий должен ему наследовать, «хотя русские более склонны к его внуку, отчего между детьми великого князя назревает большая распря». Иван III должен был считаться с народными настроениями. Однако в завещании великого князя имя Дмитрия не упоминалось.

По словам Герберштейна, едва тюремный узник Дмитрий вышел от деда, как «был схвачен по приказу дяди Гавриила (Василия) и брошен в темницу».

Условия его содержания резко ухудшились. В Устюжской летописи находим такую запись: «Того же лета князь великии Иван Васильевич посадил сына своего Василья Ивановича на великое княжение, а внука своего князя Дмитрея Ивановича посадил в камень и железа на него положил». Дмитрий прожил еще четыре года, а затем был умерщвлен. «Одни полагают, что он погиб от голода и холода, другие — что он задохнулся от дыма», — писал Герберштейн.

Что ускорило расправу с тюремным сидельцем? Еще в 1505 г. Василий устроил смотр дворянских девок-невест и женился на Соломонии Сабуровой. Четыре года спустя стало ясно, что брак неудачен, так как жена бесплодна. Отсутствие наследника у Василия подало надежду сторонникам Дмитрия, права которого на трон были неоспоримы. В такой ситуации Василий III в 1509 г. решил покончить с племянником. Объясняя опалу Дмитрия-внука, русские дипломаты объявили за рубежом, что внук строптив и непослушен, «не служит и не норовит» деду Ивану III.

Дмитрий подвергся опале потому, что потерпел поражение в борьбе за власть. Как писал Иван IV в письме Курбскому, Дмитрий и его сообщники на великого государя Василия «многия пагубы и смерти умяшлял». Будучи сыном Василия, Иван IV сместил акценты. Дмитрий представлял старшую ветвь династии и был коронован на трон, а следовательно, именно удельный князь Василий умышлял «пагубы» на великого государя и был заговорщиком. Увлекшись обличением предков А. М. Курбского, царь утверждал, будто на стороне Дмитрия выступил отец Курбского.