Наряду с оформлением материалов на контингент трех спецлагерей на местах принимались и другие меры по подготовке к операции. С 16 марта была запрещена переписка всех военнопленных. Начальство ужесточило пропускной режим, усилило охрану лагерей, сосредоточило на соответствующих железнодорожных станциях большое количество подвижного состава и т д. Представитель центрального аппарата НКВД СССР в Старобельском лагере капитан госбезопасности И.Д. Безруков сообщал в Москву, что в Харькове все готово, а в Старобельске имеются вагоны (см. № 14).

Главное транспортное управление НКВД СССР во главе с его начальником комиссаром госбезопасности III ранга С. Р. Мильштейном разработало подробнейший план доставки военнопленных из лагерей к местам их казни. На протяжении полутора месяцев Мильштейн ежедневно, а иногда и два раза в день, направлял Берии и Меркулову сводки, фиксируя малейшие отклонения от плана перевозок, количества отправляемого порожняка, загружавшихся и разгружавшихся вагонов и т д. (см. № 27).

Незадолго до начала операции в Старобельск выехали капитан госбезопасности М.Е. Ефимов, возглавлявший ранее оперативную бригаду центрального аппарата НКВД СССР в этом лагере, и В.Д. Миронов, работник 5-го отдела (ИНО) ГУГБ НКВД СССР, отвечавший за агентуру. В Козельский лагерь вновь прибыл майор госбезопасности В.М. Зарубин, в Осташковский – ст. лейтенант ГБ Д.К. Холичев.

В лагерях находились и представители Главного управления конвойных войск (ГУКВ) – И.А. Степанов (Козельск), А.А. Рыбаков (Старобельск), М.С. Кривенко (Осташков), ответственные работники Комендантского отдела АХУ, ГЭУ, ГТУ и др. подразделений НКВД СССР.

Тщательно готовился и расстрел узников тюрем западных областей УССР и БССР. 22 марта Л.П. Берия подписал приказ № 00350 «О разгрузке тюрем НКВД УССР и БССР» (см. № 13). Он был нацелен на то, чтобы централизовать расстрел заключенных, свести к минимуму число лиц, задействованных в операции. Для этого было решено сосредоточить заключенных, подлежащих расстрелу, в тюрьмах Киева, Харькова, Херсона и Минска, предварительно отправив из них заключенных в лагеря ГУЛАГа. Всю операцию по переводу заключенных из Львовской, Ровенской, Волынской, Тарнопольской, Драгобыческой, Станиславской, Брестской, Вилейской, Пинской и Барановичской областей в Киев, Минск, Харьков и Херсон следовало провести в 10-дневный срок. Для оказания помощи республиканским НКВД в Киев был направлен начальник Главного тюремного управления НКВД СССР майор госбезопасности П.Н. Зуев, в Минск – начальник отдела ГТУ НКВД СССР капитан госбезопасности А.А. Чечев. Перевозку заключенных украинских и белорусских тюрем должен был обеспечить нарком путей сообщения Л.М. Каганович (см. № 12).

Как и в лагерях военнопленных, в республиканских органах НКВД усиленно занимались подготовкой следственных дел и справок на заключенных. Начальники тюремных отделов составляли справки на заключенных, вносили уточнения в следственные дела и передавали их в 1-е спецотделы республиканских НКВД. Там заполнялась последняя графа справки – заключение. По мере готовности дел и справок они пересылались в 1-й спецотдел НКВД СССР, где и готовились списки-предписания на расстрел, которые затем штамповались «тройкой», или, как она называлась во внутренней переписке органов НКВД, Комиссией.

В ходе операции контингент заключенных тюрем продолжал пополняться. 4 апреля Л.П. Берия приказал И.А. Серову и Л.Ф. Цанаве арестовать в западных областях Украины и Белоруссии всех проводящих контрреволюционную работу унтер-офицеров бывшей польской армии, которые играли руководящую роль в подпольном движении.