Если все бумаги были в порядке, в УПВ готовили дело на доклад В.Н. Меркулову, записав рекомендацию в справку «кобуловской» формы. Затем дело передавалось в 1-й спецотдел, где их изучали под руководством заместителя начальника этого отдела капитана госбезопасности А.Я. Герцовского. В НКВД УССР и БССР дела намеченных к расстрелу готовили начальники тюремных отделов, над списками работали заместители начальников 1-х спецотделов республиканских НКВД.

Часть досье ставилась на контроль, решение по ним принимал лично В.Н. Меркулов. Они на «Комиссию» не передавались. Остальные фамилии включались в списки подлежавших расстрелу, которые передавались на утверждение «Комиссии», то есть «тройки» в составе В.Н. Меркулова, Б.З. Кобулова и Л.Ф. Баштакова. После утверждения списка фигурировавшие в нем военнопленные или заключенные считались осужденными к высшей мере наказания – расстрелу. Решения «Комиссии» оформлялись специальными протоколами (см. № 227). После этого списки-предписания на отправку, подписанные начальником УПВ или его заместителем, направлялись в Козельский, Старобельский и Осташковский лагеря; предписания о расстреле, подписанные Меркуловым, – начальникам УНКВД Смоленской, Харьковской и Калининской областей, а также наркомам внутренних дел УССР и БССР.

Первые три списка-предписания на отправку из Осташковского лагеря были подписаны П. К. Сопруненко еще 1 апреля и включали 343 человека (см. № 19). Именно столько людей были отправлены поездом Осташков-Калинин (см. № 24) и приняты от конвоя помощником начальника УНКВД по Калининской области Т.Ф. Качиным (см. № 25). А 5 апреля Д.С. Токарев доложил В.Н. Меркулову: «Первому наряду исполнено № 343» (см. № 26). Это означало, что отправленные из Осташковского лагеря 343 военнопленных 5 апреля были расстреляны.

1-2 апреля были подписаны и семь списков на отправку 692 офицеров в распоряжение начальника УНКВД по Смоленской области. Эти списки поступили в Козельский лагерь 3 апреля. Первые 74 человека были отправлены в распоряжение Смоленского УНКВД в тот же день, следующие 323 – 4 апреля, 285 – 5 апреля (см. № 79). Из Старобельского лагеря по шести спискам от 3 апреля были отправлены в Харьков 195 человек – 5 апреля, 200 – 6 апреля и 195 – 7 апреля (см. № 81).

20-22 апреля были подписаны первые списки на расстрел 1070 заключенных украинских тюрем, 23-26 апреля – списки № 047, 048 и 049 на расстрел заключенных, сосредоточенных в минской тюрьме. Белорусские списки расстрелянных узников тюрем до сих пор не найдены. Крайне скудны и другие материалы, касающиеся проведения расстрельной операции на Украине и в Белоруссии.

9 апреля было подписано 13 списков на 1297 военнопленных. Мог ли орган внесудебной расправы рассмотреть за один день по существу почти 1300 дел? Ответ очевиден – это физически невозможно. Да этого и не требовалось: в задачу «тройки» входило лишь утвердить списки, как это делало и Особое совещание НКВД СССР.

18 апреля А.Я. Герцовский сообщил в УПВ, что дела 273 военнопленных не будут рассматриваться, а сами военнопленные подлежат переводу в Юхновский лагерь. Не рассматривались «Комиссией» и те дела, которые после поступления новых запросов со стороны ИНО, НКИД и др. дополнительно ставились на контроль (см. № 30, 31). В этом случае дела изымались из общей пачки подготовленных для отправки в 1-й спецотдел дел. Когда же дело ушло в 1-й спецотдел – вынималось из пачки, подготовленной для включения в расстрельные списки. Если же военнопленный был передан «на распоряжение УНКВД», сделать было уже ничего нельзя. Зачастую запросы германского посольства или литовской миссии поступали тогда, когда человека уже расстреляли.

Были и уникальные случаи, когда людей возвращали с этапа. Наиболее известный из них произошел с профессором Виленского университета, специалистом по экономике Германии и СССР Станиславом Свяневичем.