Были и уникальные случаи, когда людей возвращали с этапа. Наиболее известный из них произошел с профессором Виленского университета, специалистом по экономике Германии и СССР Станиславом Свяневичем. Его включили в этап, отправляемый из Козельского лагеря 29 апреля, доставили вместе с другими на станцию Гнездово, что в 1,5 км от Катынского леса. После остановки поезда профессора увели в пустой вагон, где он мог через щель наблюдать за выгрузкой военнопленных и отправкой их в сторону леса в автобусах с закрашенными окнами. По завершении разгрузки вагонов С. Свяневича доставили во внутреннюю тюрьму Смоленского УНКВД и сразу после майских праздников отправили в Москву на Лубянку. Распоряжения о его задержании и последующем переводе в Москву в ведение 2-го отдела ГУГБ были отданы 27 апреля Меркуловым, 28 апреля – Берией (см. № 64, 65).

Были и другие случаи, когда лица, осужденные «тройкой» и включенные в предписания на отправку в распоряжение начальника УНКВД, задерживались и отправлялись в Юхновский лагерь (см. № 47, 79, 80, 81). Таким образом, военнопленным сохранялась жизнь не по решению «Комиссии», а по указанию Меркулова, как правило, согласованному с Берией. Одновременно по мере изучения оперативных материалов часть из стоявших на контроле дел снималась с него и передавалась на рассмотрение «Комиссии» (см. № 44, 59).

УПВ потребовало от начальников лагерей докладывать о количестве отправленных в УНКВД и находившихся в Козельске, Старобельске и Осташкове военнопленных (см. № 35, 45). 15 апреля И.И. Хохлов отдал распоряжение В.Н. Королеву и А. Г. Бережкову незамедлительно выслать в Управление оставшиеся у них дела со справками; 22 апреля – срочно доставить дела и справки на находившихся в больницах и госпиталях военнопленных.

К этому времени операция уже вступила в завершающую стадию: большая часть «контингента» была направлена на расстрел. Подводя первые ее итоги, УПВ информировало руководство НКВД СССР о прохождении дел. Сообщалось, что на 3 мая лагерям были направлены предписания на 13 682 человека. В 1-м спецотделе находилось 154 дела, готовившихся на «Комиссию», на контроле стояло 609 дел, на исправление в лагеря отправлено 29 дел, в Юхновский лагерь перевели 200 человек, в работе находилось 49 дел, подготовлены для доклада Меркулову – 185. Всего прошло дел на 14 908 человек (см. № 68). Чтобы уточнить, не упустили ли они кого-то из виду, 5 мая Сопруненко распорядился сообщить, сколько военнопленных и кто именно еще находится в лагере (см. № 70, 71).

Администрация Козельского, Старобельского и Осташковского лагерей старалась выполнить каждое требование Москвы и в свою очередь обращалась туда за разъяснениями возникавших в ходе операции вопросов. Так, П.Ф. Борисовец доложил в УПВ, что в Осташковском лагере содержится полицейский Ф. Мастоляж вместе с 8-летним сыном, который временно помещен в Осташковский детдом. Он спрашивал, что делать с мальчиком в случае получения наряда на отправку его отца (см. № 46). Однако в центре судьба ребенка никого не взволновала. Там давно привыкли обрекать на сиротство сотни тысяч детей «врагов народа». В списке-предписании на отправку в распоряжение начальника Смоленского УНКВД № 058/3 в пункте 55 значился Мастоляж Феликс Янович, 1890 года рождения…

Много вопросов возникало у лагерного начальства по оформлению этапов, хранению списков-предписаний и другой документации на военнопленных. УРО Осташковского лагеря, в частности, не знало, что делать с учетными делами на тех, кто «массовым порядком по нарядам» убывал из лагеря. Заводить ли картотеку убытия? Копировать ли для высылки в УПВ карточки формы № 2 на убывших? Где хранить списки, по которым сдают военнопленных? Как оформлять этапы? Ответы на эти вопросы УПВ постаралось дать в своем распоряжении от 11 апреля.