Когда работа была закончена, поэт Милези посвятил ей хвалебную оду, а друг хозяина дома, эрудит и археолог Кастеллини, в поэтическом посвящении, помимо восторженных слов в адрес мастера, сравнил фигуру Анны с греческой скульптурой. В чём-то он был прав — статичная поза Анны в тяжёлых одеяниях с выразительными складками написана почти монохромно в коричневато-серых тонах жёсткими мазками, предвосхищая манеру позднего Караваджо.

В отличие от Анны, словно вышедшей из греческой трагедии, Мария преисполнена материнской любви. В её лёгкой фигуре отразились сама женственность и несказанное изящество. Словно предчувствуя, что это последняя его работа с Леной, Караваджо вложил в неё ту любовь, что ощущается и в изгибе шеи, и в наклоне милой головки. Выразительна фигурка подросшего ребёнка Христа, на лице которого смешаны чувства любопытства и испуга перед извивающимся на полу шипящим гадом.

Известно, что 14 апреля 1606 года картина была установлена в приделе Михаила Архангела собора Святого Петра, куда тут же устремились друзья автора и ценители искусства. Караваджо лично руководил установкой полотна над алтарём. Он был несказанно горд, видя, как хорошо его картины вписываются в интерьер величественного храма, где чуть подальше стоит божественная «Пьета» Микеланджело. Можно ли этому поверить? И Караваджо по нескольку раз подходил к картине и отходил от неё, чтобы лишний раз удостовериться, как она смотрится издали по соседству с беломраморным совершенством гениального ваятеля. Это были незабываемые минуты счастья, выпавшие на его долю. Но уже 16 апреля картину осмотрела кучка кардиналов из объединения папских конюших и вынесли свой вердикт: non expedit — «не пройдёт». Не подумав даже оповестить об этом автора, кардиналы распорядились вынести алтарный образ Мадонны Палафреньери из собора. Рухнули все надежды, и Караваджо вновь пришлось вкусить горечь поражения. Его мечтам не суждено было сбыться, а римляне лишились возможности полюбоваться великолепной картиной в соборе Святого Петра.

Правление нового папы оказалось для художника на удивление крайне неблагоприятным. История знает немало тому примеров. Лет пятьдесят тому назад столь же пагубным оказалось для Тициана правление папы Павла III, и великому мастеру пришлось покинуть Вечный город не солоно хлебавши, не получив ни полушки за излишне реалистичный портрет папы с племянниками. А ведь поначалу казалось, что всё складывалось так удачно — Караваджо впервые было поручено писать портрет понтифика, а это сулило многое. Но он не сумел потрафить папе, и его верность натуре обернулась для него полным крахом.

Но чем же так провинилась перед «конюшими» в кардинальских мантиях превосходно написанная «Мадонна со змеёй»? Что не устроило их в картине? Эти святоши сочли её вульгарной и святотатственной, лишённой божественности и красоты. Особенно возмутило кардиналов, что художник осмелился в образе Девы Марии, как им кто-то доложил, изобразить свою любовницу, а фигурка ребёнка Христа и вовсе ввела их в смущение «плебейским изображением плоти» с явными признаками эротики. Святая Анна была сочтена беззубой мегерой. Решено было немедленно избавиться от богохульной картины, с которой греха не оберёшься, попади она на глаза инквизиции. К счастью, ею живо заинтересовался всеядный кардинал Боргезе. Воспользовавшись растерянностью и испугом владельцев картины, он приобрёл её на свой страх и риск за смехотворную цену в сто скудо. Братство конюших тоже не осталось внакладе, заплатив художнику за картину семьдесят пять скудо.

Караваджо тяжело переживал неудачу. Рухнули все его планы на будущее, которое ещё вчера представлялось таким радужным и обнадёживающим. Чтобы забыться и успокоиться, он принялся за работу над нейтральным сюжетом. На каменной столешнице он поместил корзину с фруктами: яблоки, груши, виноград, гранат, а также тыквы бутылочной формы, дыни и арбуз.