Он успел добраться до Неаполя до закрытия сезона регулярной навигации. Но, по всей вероятности, то же самое удалось проделать и тем, кто охотился за ним ещё в Палермо. В римском листке «Аввизи» 24 октября 1609 года появилось сообщение об убийстве Караваджо в Неаполе, хотя, как отмечалось в том же сообщении, другие заявляют, что художник всего лишь был сильно изуродован, получив увечье. К счастью, правы оказались «другие». Известно, что вечером на выходе из трактира Черрильо Караваджо подвергся нападению троих неизвестных и был зверски избит. Случайные прохожие помогли ему подняться на ноги и проводили до снимаемой им неподалёку квартиры. С того злополучного дня жизнь Караваджо становится сплошной загадкой. Столь же загадочным выглядит само это нападение. Что за ним скрывалось: предупреждение анонимных мстителей или неудавшаяся попытка убийства? Тогда кто был его заказчиком?

С трудом оправившись после жестоких побоев с помощью не отходившего от него верного Баттистелло, Караваджо вынужден был принять приглашение Луиджи Карафы переехать к нему во дворец Челламаре, где остановилась его тётка, маркиза Костанца Колонна, так как между ней и его отцом пробежала кошка. Караваджо не захотел показываться ей с побитой физиономией и рукой на перевязи. Вероятно, его не покидало чувство вины перед ней. Маркиза была единственным существом на земле, перед которым он робел. Живя в огромном дворце как в золочёной клетке, он опасался выходить в город и сведения о внешнем мире получал от навещавшего его Баттистелло и хозяина дома. От них стало известно, что в Риме объявился двадцатидвухлетний кардинал Фердинандо Гонзага, сын мантуанского правителя, который по части коллекционирования во многом превосходит осторожного отца и водит дружбу с государственным секретарём кардиналом Боргезе. Но ещё более бурную деятельность развил племянник правителя Генуи Маркантонио Дориа, чьё доверенное лицо Ланфранко Масса давно подбирался к Караваджо.

В феврале не стало правителя Флоренции Фердинандо I, по которому дель Монте очень горевал. У него не сложились отношения с молодым Козимо II, и он полностью сосредоточился на работе в римской курии, лелея мечту о папской тиаре, но не забывая пополнять свою богатую коллекцию. Летом того же года, не дожив до пятидесяти, ушёл из жизни Аннибале Карраччи, выдающаяся фигура в итальянском искусстве. По свидетельствам современников, он был немногословен, великодушен, порою вспыльчив, если что не так. Ему претила роль придворного живописца, которую навязывали ему князья Фарнезе, заставляя его заботиться о своём внешнем виде, но художнику было небезразлично только отношение к его творчеству. Этим он в чём-то походил на Караваджо — своего главного соперника в Риме. Они оба прошли через увлечение венецианской школой цвета и восстали против засилья тосканской школы, основанной преимущественно на рисунке. Под конец жизни оба пережили сильное нервное потрясение, почти неизбежное в тот тягостный век, в котором могли процветать разве что такие посредственности, как услужливые Чезари и Бальоне, довольствовавшиеся подачками с барского стола, хотя и они были вынуждены порой глотать горькие пилюли.

В 1672 году, когда имя Караваджо стало постепенно забываться, а его картины прятались в подвалах, биограф Беллори, поверивший в сообщение о покушении на художника в Неаполе, заявил о его гибели в октябре 1609 года, придав его смерти почти символическую связь с кончинами других важных персон. Ставя Караваджо в один ряд с его соперником и недругом, Беллори в «Жизнеописаниях» отметил: «1609 год оказался злополучным для живописи, ибо он отнял у нас и Аннибале Карраччи, и Федериго Дзуккари», что в дальнейшем внесло немало путаницы.

Совершённое в Риме убийство и мальтийская история застали врасплох клан Колонна-Карафа, равно как и других покровителей гения.