Одним из первых он взялся за разработку основ тактики паровых броненосных флотов, пришедших на смену парусным. В России его "Тактика" так и не была издана при жизни адмирала, однако её перевели на другие языки, и способные ученики очень даже нашлись - одним из них был японский морской офицер Хейхациро Того. И первым в мире Макаров применил на практике последнюю военно-морскую техническую новинку того времени - самодвижущуюся мину (торпеду) Уайтхеда.

Позор поражения в Крымской войне, когда русский флот, едва смыв с бортов пороховую гарь Синопа, вынужден был затопиться в севастопольской бухте, бессильный противостоять паровым линейным кораблям англичан и французов, жёг сердца патриотов - и Макарова в том числе. Андреевский флаг, впитавший славу Гангута, Чесмы и Наварина, на двадцать лет был изгнан с Чёрного моря. И поэтому в очередной русско-турецкой войне 1877-1878 годов броненосному флоту турок, состоявшему из выстроенных с английской помощью мониторов, противостояли только быстроходные пароходы Добровольного флота, переоборудованные во вспомогательные крейсера.

Макаров командовал тогда пароходом "Константин" с четырьмя минными катерами на борту. Экипажи утлых судёнышек с мужеством камикадзе били в борта турецких кораблей шестовыми минами, а в ночь на 14 января 1878 года спущенные с "Константина" катера "Чесма" и "Синоп" атаковали двумя торпедами стоявший на рейде Батума турецкий сторожевой пароход "Интибах". Обе самодвижущиеся мины попали в цель, "Интибах" затонул, открыв собой длинный - из тысяч и тысяч кораблей и судов - список жертв торпедного оружия, далее непрерывно пополнявшийся в ходе всех войн на море.

И теперь, прибыв на Дальний Восток, адмирал взялся за дело со всей присущей ему энергией. Он организовал траление, разведку и дозорную службу, налаживал взаимодействие флота и берега. Выставлялись линии оборонительных минных заграждений, оборудовались новые береговые батареи, прожекторные посты и посты связи. Всю эскадру изумил поступок Макарова, когда адмирал лично вышел в море на быстроходном небронированном лёгком крейсере "Новик" на помощь к погибавшему в неравном бою миноносцу "Стерегущий"

Макарова отнюдь не гипнотизировало превосходство японского флота в силах, он совсем не считал русскую эскадру неспособной противостоять противнику и намеревался предложить Того генеральное сражение сразу после введения в строй повреждённых 27 января кораблей. А пока командующий русской эскадрой придерживался активно-оборонительной тактики, призванной сорвать переброску японских войск на материк и держать их флот в постоянном напряжении. В море чуть ли не каждую ночь направлялись отряды миноносцев, владивостокский отряд в составе броненосных крейсеров "Россия", "Громобой" и "Рюрик" получил приказ развернуть широкую рейдерскую войну против судоходства противника (для чего, собственно, эти корабли и были построены).

Макаров ясно сознавал, что вся русско-японская война - это прежде всего война на море, и что её исход решит противоборство флотов. Напрочь лишённый сентиментальности, которая так часто мешает военачальнику посылать своих солдат на смерть[6](стоит ему только вспомнить, что его подчинённые не просто одетые в форму боевые единицы, но ещё и люди), адмирал считал вполне приемлемыми равные потери в морских боях, поскольку русский флот располагал значительным резервом сил на Балтике. 

Возросшая активность русских была немедленно отмечена японцами, но все их действия парировались Тихоокеанской эскадрой. Выставленные на внешнем рейде мины вытраливались, попытки обстрела японским флотом русских кораблей в гавани Порт-Артура встретили решительный отпор.